结构变异可视化工具SVbyEye 1 IntroductionGitHub地址文章链接 使用手册大佬Evan E. Eichler团队基于Miropeats开发的用于基因组结构变异可视化的工具SVbyEye,使用ggplot2绘图语法实现。 2 PAF格式输入文件需要输入的文件是PAF格式的,官方使用的比对软件是minimap2 (version >=2.24),但是任何sequence-to-sequence比对生成的结果 2025-05-09 生物信息学 #生物信息学
重测序分析脚本 重测序与群体遗传学 云南农业大学 云南生物资源保护与利用国家重点实验室 (李详 2019年12月31日) 软件安装该部分软件很难用conda直接安装,安装步骤比较特殊。 2021-11-23 生物信息学 - 群体遗传学 - Linux #生物信息学 #Linux
Word交叉引用设置颜色为蓝色 参考知乎文章。 编辑一个新的宏: 12345678Sub CitingColor() For i = 1 To ActiveDocument.Fields.Count '遍历文档所有域 If Left(ActiveDocument.Fields(i).Code, 4) = " REF" Or Left(ActiveDocument.Fields(i).Code, 14) = " 2023-09-11 文献阅读 #文献阅读
mlr3随机森林 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273747576777879808182838485868788899091929394959697989910010110210 2022-03-23 生物信息学 #生物信息学 #R语言 #机器学习
一种核心微生物的鉴定方法 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273747576777879808182838485868788899091929394959697989910010110210 2023-06-08 生物信息学 #生物信息学
Tools4You教程5:PCoA 关于PCoAPCoA(Principal Coordinates Analysis,主坐标分析)和PCA(点击查看PCA教程)一样是常见的数据降维方法, 2021-01-29 Tools4You #Tools4You
遗传力的概念和计算 前言在作物育种过程中,通常会有多年多点的试验,这种试验通常叫做多环境试验(multi-environment trial,MET)。为了对MET进行准确的测量、最终实现实现MET的准确比较,育种学家通常会计算广义遗传力和狭义遗传力。这个文档主要有三个目的: 说清楚遗传力的概念; 展示使用合适的方法计算遗传力; 提供稳定的方法计算和比较田间试验的准确信。 遗传力的定义下图A中的公式表示表型可以用 2024-08-27 生物信息学 #生物信息学
Nginx端口转发实现80端口访问shiny-server 在{% label /etc/nginx/sites-enabled/ purple %}下的{% label default purple %}文件种添加如下内容: 1234567891011server { server_name www.test.com # 你的shiny的域名 listen 80; location / { proxy_pass htt 2021-11-24 生物信息学 #R #Shiny #Nginx #端口转发
shiny4qPCR-qPCR数据处理一站式解决方案 为什么做shiny4qPCRqPCR是现代分子生物学基础,其基本过程涉及引物设计、RNA(DNA)提取、qPCR实验、qPCR数据处理等。从研究生阶段到现在的博士阶段,我需要做大量的qPCR实验,每次数据处理都比较麻烦,虽然已经基本实现流程化了,但还是比较麻烦,因此,以RStudio的shiny-server为基础,写了个shiny app,专门用于处理qPCR相关数据。 注:目前软件源代码尚未 2021-12-04 分子生物学 #生物信息学 #分子生物学 #qPCR #shiny4qPCR
关于VCF和gVCF gVCF联合分型 vs VCF文件合并:深度解析变异检测的两种策略 在基因组学研究中,多样本变异检测是一个关键步骤。本文深入分析gVCF联合分型和直接VCF合并两种方法的差异、优势和适用场景,帮助研究者选择最适合的分析策略。 📖 目录 概述 技术原理 详细对比 实际应用场景 代码示例 性能评估 最佳实践建议 总结 🎯 概述在多样本基因组变异检测中,研究者通常面临两种主要的数据整合策略 2025-08-14 生物信息学 #生物信息学