水稻Pan-genome
5月28日凌晨，Cell在线发表了四川农业大学和遗传发育所合作的文章Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals hidden genomic variations。
水稻-稻瘟病互作转录组分析
看到这样一篇文献$^{[1]}$，利用转录组研究水稻-稻瘟病互作过程中的核心基因。想着水稻-稻瘟病互作中转录组研究还有啥好做的呢，结果仔细一看，直呼精彩，尤其是转录组数据分析思路何技巧，让我受益匪浅。 试验设计首先是试验设计很巧妙，利用一个感病品种Nipponbare和抗性品种Hui1586为材料，在温室进行稻瘟病接种，然后12h、24h、36h及48h进行采样。每个时间点都设置了对照。对叶片进
生态和农业中植物亲缘识别的机制
摘要许多生物能够有效地区别“近亲”和“陌生人”（这种现象叫亲缘识别，Kin Recognition），并且对“近亲”能够表现出更多的“合作”（positive kin recognition）。但是这种现象在植物中近几年才被关注到。
生物信息学学习笔记-Willy出版社第四版
第九章-Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis在挑选序列构建系统发育树的时候不能只看序列的名字，更应该看序列之间的相似度。最常用的方法就是BLAST。 怎么看一个系统发育树： 在a中，分支长度是不重要的，支长并不代表分化程度，展示的仅仅只是分支顺序。但是在b图中分支的长度就代表了分化程度。1+2+3表示的是Fly和Mouse之间的分化程度，1+2
生物信息学中的文件格式
bam文件 第一列：QNAME: 比对序列的名称。 第二列：FLAG: 比对的类型。paring、strand、 mate strand 等等。不同的数值代表不一样的比对类型。 第三列：RNAME：表示 read 比对的那条序列的序列名称。如果第三列是”*“，则说明这条 read 没有比对上。 第四列：POS。表示 read 比对到 RNAME 这条序列最左边的位置。 第五列：mapping 的质
生物信息学知识库
浅言前言软件安装Linux基础报错及解决方案 Some index files failed to download. They have been ignored, or old ones used instead.：编辑vi /etc/resolv.conf，加入： 12nameserver 8.8.8.8nameserver 8.8.4.4 Nginx 不同域名指定端口 12345678
生物信息学数据库
BUSCO：基因组组装质量评估软件。 使用教程：简书链接 Addgene：非营利性的质粒库 Primer3Plus：引物设计 DBD：转录因子预测数据库 Plant Transcription Factor Database：植物转录因子数据库 RiceNetDB：水稻基因互作数据库（浙大） RPAN: Rice Pan-genome Browser：水稻泛基因组数据库（上海交大） NC
相关性分析和回归分析
一直把相关性分析和回归计算搞混，某次组会下定决心把这两个东西分清楚。 Items 相关性 简单回归 量化关系方向 √ √ 量化关系强度 √ √ 展示因果和效应 × √ 是否能够进行预测 × √ 变量之间的位置是否能够互换 √ × 表达方式 一个数值 一个等式 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmai