回归的R2和相关性中的R
帖子推荐 回归模型的可视化解释。
Nature杂志统计知识合集
偶然发现的一个合集：Statistics for Biologists. 统计学不会告诉我们是对还是错，只会告诉我们犯错的可能性！ Statistics does not tell us whether we are right. It tells us the chances of being wrong. 不确定性的重要性 误差棒(Error bar)点击查看文献原文 误差棒有三种类型
gff文件缺少gene特征
1awk -F"[\t=]" 'BEGIN{OFS="\t"}{if($3=="mRNA"){print $1,$2,"gene",$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10 ; print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10"Parent="$10;}else{print $0}}' all.gff3 > all.gff3.new 复制粘贴使用： 1aw
Pan-基因家族鉴定方法
参考文献 Shang L, Li X, He H, et al. A super pan-genomic landscape of rice[J]. Cell Research, 2022: 1-19. 这篇文献中要鉴定的是pan-NLRome，使用的方法是： InterProscan软件注释，筛选阈值是E-value < 1e−4； NLR-Parser鉴定结构域； 上面两个结果交叉验
植物诱导抗性相关名词的统一
混乱的术语诱导抗性（Induced Resistance，IR）是指曾经受到病原菌、昆虫、有益微生物、化学物质、物理损伤或取食等刺激的植物当再次受到这些刺激时比那些没有受过刺激的植物有着更低的敏感性。除了直接可以观察到的对病原菌或昆虫敏感性降低以外，还可以从防御响应水平上对IR进行评估，如活性氧增加、更多的胼胝质沉积、表观遗传变化、转录变化、蛋白质组变化及代谢变化等。这些效应和病原菌相关分子模式、
氨基酸转运子调控植物免疫-生长平衡
背景知识先天免疫与诱导免疫植物的先天免疫可以分为PTI和ETI。除了先天免疫之外，当植物从生物胁迫中恢复以后，会获得持续时间较长的抗性，这种叫做诱导抗性（induced resistance，IR）。获得IR的植株在遭受第二次侵染时，能够更快更强地做出响应以保护自己。IR通常有如下几种方式： 由先天免疫激发； 由根际微生物激发：如有益微生物； 由特定化合物激发：如挥发性有机化合物和β 氨基酸。
转录组+代谢组筛选柳枝稷耐旱相关代谢物
柳枝稷简介柳枝稷是多年生草本植物，主要有南北两个生态型。 重要的生物燃料：较高的能量效率+较好耐旱性； 合适的牛饲料； 水土保持功能； 鸟类保育功能。 研究目的柳枝稷是单子叶植物，同为单子叶植物的玉米和水稻在响应干旱胁迫时都有着特异性的代谢反应，但是还没有柳枝稷响应干旱胁迫时特异性代谢的相关研究。 研究方法 研究结果在干旱胁迫3~4周的时候两个柳枝稷展示出明显的耐旱差异（上图，左侧为处理，右
Augustus注释基因组
AUGUSTUS版本：3.4.0 官方参考手册 下载Lentinula edodesGenBank格式注释文件: 12we https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/021/015/755/GCF_021015755.1_Lenedo1/GCF_021015755.1_Lenedo1_genomic.gbff.gz -O ref.gbff.gz
NBS-LRR基因知识
NBS-LRR的结构和生物学功能从结构上判断一个基因是不是NBS-LRR基因的方法是看其是否具有NBS结构域和LRR结构域。NBS结构域通常在蛋白的中间区域，长度大概是300个氨基酸；LRR结构域通常是在蛋白的C端，长度大概是20-30个氨基酸。 NBS-LRR也被称为NB-ARC，或者直接叫做NLR，但是在相关研究中使用最广泛的名称还是NBS-LRR。 NBS-LRR是植物抗性蛋白中最重要的结构