昨天帮同学画图的实现不同样品数量的分组画柱状图会出问题：

后续要扫描大量的水稻叶片然后计算病斑数量，之前没有使用过ImageJ这个软件，今天下午学了一下，成功get扫描一个图片中多个叶片面积的方法。

创建硬盘分区：按提示操作即可（容量大于2T的硬盘用parted命令） 12sudo parted /dev/sdb# 需要改成gtp格式的分区 创建文件系统 1mkfs.ext4 /dev/sdb1 查看UUID 1blkid 同步保存原来/home目录下的所有文件 12sudo mount /dev/sdb1 /mnt/old.home.220111sudo rsync -avx

暂停当前任务 1sudo rstudio-server suspend-all 下线旧版本 1sudo rstudio-server offline 下载新版本点击链接下载最新版。 安装新版本 1sudo gdebi <rstudio-server-package.deb> 重启服务 1sudo rstudio-server restart 上线新版本 1sudo rstu

12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273747576777879808182838485868788899091929394959697989910010110210

安装从GitHub上安装： 1devtools::install_github("lixiang117423/biohelpers") 常用的功能模块主成分分析（PCA）参数 data：数据框，行是样品，列是特征值，比如基因表达量表行为样品名称，列为基因名称。 sample：样品分组信息，有一列是sample，表示样品名称，需要和data的样品名称完全一致， pca.num：要保留计算结果中的多少

最近在分析转录组，基因组是自己组装的，好多基因注释不到KEGG和GO这两个数据库，就索性先把基因蛋白blast到SwissProt数据库，然后得到比对的蛋白的ID，再经过筛选后再去看蛋白相关的GO term。但是，这么多基因我也不可能一个一个查啊，那就Python爬虫吧。

1234567891011wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64.tar.gztar -zxvf ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64.tar.gz./ibm-aspera-con

12345678910111213141516171819202122232425import osfiles = os.listdir("G:\\33Pan_download\\下载数据\\unzip\\")all_genome = open("G:\\33Pan_download\\下载数据\\all_genome.fa","w")for i in files: print(i)

功能概述自动识别样品信息，批量运行Parabricks. Python脚本可以命名为05.run_parabricks.py 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273

我安装的是zsh，安装Mambaforge的时候始终无法使用，运行mamba init显示下面的内容： 123456789101112131415161718no change /home/lixiang/mambaforge/condabin/condano change /home/lixiang/mambaforge/bin/condano change /home/

在最后一步bismark_methylation_extractor的时候，输出的.bedGraph 和 .bismark.cov是空文件，在目标目录下有一大堆的.temp文件。看了mapping这一步的结果的report和summary，是没有问题的。那肯定是哪里有问题了。 各种检索，终于是发现了问题所在，参考no bedGraph output #180: Your genome of in