水稻Pan-genome
5月28日凌晨，Cell在线发表了四川农业大学和遗传发育所合作的文章Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals hidden genomic variations。
生物信息学学习笔记-Willy出版社第四版
第九章-Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis在挑选序列构建系统发育树的时候不能只看序列的名字，更应该看序列之间的相似度。最常用的方法就是BLAST。 怎么看一个系统发育树： 在a中，分支长度是不重要的，支长并不代表分化程度，展示的仅仅只是分支顺序。但是在b图中分支的长度就代表了分化程度。1+2+3表示的是Fly和Mouse之间的分化程度，1+2
生物信息学数据库
BUSCO：基因组组装质量评估软件。 使用教程：简书链接 Addgene：非营利性的质粒库 Primer3Plus：引物设计 DBD：转录因子预测数据库 Plant Transcription Factor Database：植物转录因子数据库 RiceNetDB：水稻基因互作数据库（浙大） RPAN: Rice Pan-genome Browser：水稻泛基因组数据库（上海交大） NC
生物信息学知识库
浅言前言软件安装Linux基础报错及解决方案 Some index files failed to download. They have been ignored, or old ones used instead.：编辑vi /etc/resolv.conf，加入： 12nameserver 8.8.8.8nameserver 8.8.4.4 Nginx 不同域名指定端口 12345678
生物信息学中的文件格式
bam文件 第一列：QNAME: 比对序列的名称。 第二列：FLAG: 比对的类型。paring、strand、 mate strand 等等。不同的数值代表不一样的比对类型。 第三列：RNAME：表示 read 比对的那条序列的序列名称。如果第三列是”*“，则说明这条 read 没有比对上。 第四列：POS。表示 read 比对到 RNAME 这条序列最左边的位置。 第五列：mapping 的质
相关性分析和回归分析
一直把相关性分析和回归计算搞混，某次组会下定决心把这两个东西分清楚。 Items 相关性 简单回归 量化关系方向 √ √ 量化关系强度 √ √ 展示因果和效应 × √ 是否能够进行预测 × √ 变量之间的位置是否能够互换 √ × 表达方式 一个数值 一个等式 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmai
用gffread从基因组提取序列
软件地址：https://github.com/gpertea/gffread 提取转录本序列 1gffread YLG.gff3 -g YLG.sort.fasta -w ylg.trans.fa 提取CDS序列 1gffread YLG.gff3 -g YLG.sort.fasta -x ylg.cds.fa 提取蛋白序列 1gffread YLG.gff3 -g YLG.sort
科研的正确打开方式-GOHREP
GOHREP—GOal, Hypothesis, Rationale, Experimental Plan GOal 主要目的 在项目中想实现什么目的 Hypothesis 基于事实的猜想 熟悉相关概念 Rationale 描述支撑假设的发现或现象 通常是基于初步的数据 可以分为scientific和strategic scientific strategic 设备 资金 生物资源 其他
系统发育树构建中的模型选择-ChatGPT版本
系统发育树构建中的不同模型指的是在建立系统发育树（phylogenetic tree）时所使用的不同计算模型，这些模型用于描述不同的进化历程。它们通常基于分子序列数据或形态特征数据，并用来估计进化距离、基因替换率、分支长度和概率等参数。 一些常见的系统发育树构建模型包括： JC69 模型：最简单的核苷酸取代模型，假设所有碱基变异的概率相等。 K80 模型：假设两种碱基之间的取代率可能不同。 F8