植物邻居可以促使或者是阻断根部真菌的病害传播
文献信息 Ampt E A, van Ruijven J, Zwart M P, et al. Plant neighbours can make or break the disease transmission chain of a fungal root pathogen[J]. New Phytologist, 2022, 233(3): 1303-1316. 数据信息 代码和数据链接
R语言机器学习框架mlr3学习笔记
mlr3verse基础mlr3verse其实是个框架，整合了各种机器学习算法。其底层的使用R6语法和data.table数据流；支持并行，可以搭建”图”流学习器。 几点技术说明： 使用帮助：?+对象名字，或者对象$help，如learner$help(). 某些对象不是数据框，as.data.table()转化成数据框再进行查看。 超参数调参需要找到原始函数对应的包的函数帮助。 任务类型 连续
水稻-水稻互作中第一个主要的locus
文献信息 Pélissier R, Ducasse A, Ballini E, et al. A major genetic locus in neighbours controls changes of gene expression and susceptibility in intra‐specific rice mixtures[J]. New Phytologist, 2023. Su
DNA甲基化数据分析流程
参考文献 Wilkinson S W, Hannan Parker A, Muench A, et al. Long-lasting memory of jasmonic acid-dependent immunity requires DNA demethylation and ARGONAUTE1[J]. Nature Plants, 2023: 1-15. 原始数据：点击查看 参考基因组E
DNA甲基化数据分析流程
参考文献 Wilkinson S W, Hannan Parker A, Muench A, et al. Long-lasting memory of jasmonic acid-dependent immunity requires DNA demethylation and ARGONAUTE1[J]. Nature Plants, 2023: 1-15. 原始数据：点击查看 参考基因组E
我精读过的那些Paper
文献标题 一句话描述 文献解读 Long-lasting memory of jasmonic acid-dependent immunity requires DNA demethylation and ARGONAUTE1 茉莉酸诱导的长期免疫需要甲基化的参与 点击查看 A major genetic locus in neighbours controls changes
广义线性混合模型操作指南
更新版本: 推荐的资料 https://bookdown.org/roback/bookdown-BeyondMLR/ch-GLMM.html https://m-clark.github.io/mixed-models-with-R/ 文献信息 Harrison X A, Donaldson L, Correa-Cano M E, et al. A brief introduction to
受胁迫植物的表观遗传记忆
文献信息 Gallusci P, Agius D R, Moschou P N, et al. Deep inside the epigenetic memories of stressed plants[J]. Trends in Plant Science, 2022.00266-7?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretr
广义线性模型GLM学习笔记
第一章：导论 定量变量可以叫做协变量，定性变量叫做因子。 因子需要进行数字化编码才能用在统计模型中，转换后叫做伪变量。 因子有n个水平时，伪变量至少需要n-1个。 合适的模型的标准：简单和准确。 第二章：线性回归模型简介与回顾 线性回归模型是广义线性模型的一种特殊形式。 线性回归模型的定义 \begin{cases} var[y_i] = \frac{\sigma^2}{w_i}\\ \mu_
依赖茉莉酸的长久免疫记忆需要DNA甲基化的参与
文献信息 Wilkinson S W, Hannan Parker A, Muench A, et al. Long-lasting memory of jasmonic acid-dependent immunity requires DNA demethylation and ARGONAUTE1[J]. Nature Plants, 2023: 1-15. 研究背景 水杨酸（SA）参与的防