NCBI爬取单子叶双子叶信息
12345678910111213141516171819202122import osimport requestsfrom bs4 import BeautifulSoupimport refile_write = open("/home/lixiang/temp_file/latin.name.group.txt","w")cot_list = ["eudicots", "monocots"
biopytools的用法
安装12345git clone https://github.com/lixiang117423/biopytools.gitcd biopytoolspip install -e .pip install -e ".[dev]" run_annovar主要功能是实现使用Annovar对VCF文件进行注释。 帮助文档1234567891011121314151617181920212223242
ggmotif的使用
激发我开发这个R包的原因是在许做基因家族分析中的motif分析的时候总是找不到趁手的工具去可视化相关的结果，要么是在线网站，要么是别人开发的工具，网页版工具怕哪天就跑路了，别人的工具想要个性化比较困难。那，就自己写一个吧。 R包下载安装： 1234install.packages("ggmotif")# 或者devtools::install_github("lixiang117423/ggmot
Ubuntu将home目录挂载到新硬盘上
创建硬盘分区：按提示操作即可（容量大于2T的硬盘用parted命令） 12sudo parted /dev/sdb# 需要改成gtp格式的分区 创建文件系统 1mkfs.ext4 /dev/sdb1 查看UUID 1blkid 同步保存原来/home目录下的所有文件 12sudo mount /dev/sdb1 /mnt/old.home.220111sudo rsync -avx
Ubuntu更新RStudioServer
暂停当前任务 1sudo rstudio-server suspend-all 下线旧版本 1sudo rstudio-server offline 下载新版本点击链接下载最新版。 安装新版本 1sudo gdebi <rstudio-server-package.deb> 重启服务 1sudo rstudio-server restart 上线新版本 1sudo rstu
转录组Htseq流程
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R包biohelpers使用说明
安装从GitHub上安装： 1devtools::install_github("lixiang117423/biohelpers") 常用的功能模块主成分分析（PCA）参数 data：数据框，行是样品，列是特征值，比如基因表达量表行为样品名称，列为基因名称。 sample：样品分组信息，有一列是sample，表示样品名称，需要和data的样品名称完全一致， pca.num：要保留计算结果中的多少