OrthoFinder报错
ChatGPT是这样回答的： 这个错误通常是由于 Python 版本的更新导致的，Python 3.x 不再支持 ‘rU’ 模式。您可以尝试将代码中的 ‘rU’ 替换为 ‘r’，这应该可以解决问题。 如果您使用的是 OrthoFinder 的旧版本，可能需要升级到最新版本以解决此问题。您可以访问 OrthoFinder 的官方网站（https://github.com/davidemms/Or
VSCode取消波浪线
取消前是这样的（强迫症患者表示受不了啊。。。。。。）： 取消方法： 在设置文件settings.json文件中加入下面的内容即可： 12345"workbench.colorCustomizations": { "editorError.foreground": "#00000000", "editorWarning.foreground": "#00000000
单细胞数据分析学习笔记
软件安装R包123install.packages("Seurat")BiocManager::install("scater")BiocManager::install("monocle") 参考文献选择最近发表者Science上的这篇文章的数据进行分析联系。 Nolan T M, Vukašinović N, Hsu C W, et al. Brassinosteroid gene regu
系统发育树构建中的模型选择-ChatGPT版本
系统发育树构建中的不同模型指的是在建立系统发育树（phylogenetic tree）时所使用的不同计算模型，这些模型用于描述不同的进化历程。它们通常基于分子序列数据或形态特征数据，并用来估计进化距离、基因替换率、分支长度和概率等参数。 一些常见的系统发育树构建模型包括： JC69 模型：最简单的核苷酸取代模型，假设所有碱基变异的概率相等。 K80 模型：假设两种碱基之间的取代率可能不同。 F8
NCBI-CDD本地搭建
起因需要大量使用CDD-Search检索结构域，但是网页版有限制，单次序列不能超过1000条（我单次就近条啊），索性直接在服务器上搭建CDD本地版。 数据下载1ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i ~/mambaforge/envs/tools4bioinf/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/pub/m
Ubuntu上设置frp内网穿透自动启动
安装12345678# 这里需要cd到加压缩frp压缩包的文件位置，解压后会看到文件里有frpc的启动程序sudo cp frpc /usr/local/bin/frpcsudo mkdir /etc/frpcsudo cp frpc.ini /etc/frpc/frpc.ini# 按照上面这个配置我一直无法启动，下面的两行代码让我成功运行sudo mkdir /etc/frpssudo cp f
VScode远程连接服务器并使用R
实验室服务器重装系统后RStudio无法登录，没法解决，索性使用VScode解决。 服务器端使用mamba管理R包。只需要安装如下几个包即可： 1234mamba create --name r # 新建环境mamba install -c conda-forge r-base # 安装Rmamba install -c conda-forge r-languageserver # 安装langu
Ubuntu配置zsh和主题
总代码1234sudo apt-get updatesudo apt install zshchsh -s /bin/zshsh -c "$(curl -fsSL https://gitee.com/Devkings/oh_my_zsh_install/raw/master/install.sh)" 安装zsh12sudo apt install zshchsh -s /bin/zsh 安装Oh
R语言自动跳过Error实现循环
经常要批量读取网页文件，有时候URL会报错，循环的程序就断开了，很麻烦。学习到一种tryCatch的方法。 12345678910111213141516171819202122for (i in 1:nrow(kegg.id)) { tryCatch({ Sys.sleep(0.5) KEGGREST::keggGet(kegg.id$id[i]) -> temp