小蓝哥的知识荒原
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ggplot2绘制GWAS曼哈顿图

数据长这样: 123456chr01;25000.0;1.8163221360895787chr01;75000.0;2.1779931093884595chr01;125000.0;7.688242894056851chr01;175000.0;6.450387596899228chr01;225000.0;7.576356589147288chr01;275000.0;4.8746339362
2023-12-21
生物信息学
#生物信息学

记录安装Mambaforge遇到的坑

我安装的是zsh,安装Mambaforge的时候始终无法使用,运行mamba init显示下面的内容: 123456789101112131415161718no change /home/lixiang/mambaforge/condabin/condano change /home/lixiang/mambaforge/bin/condano change /home/
2023-12-12
生物信息学
#生物信息学

一些R语言资源

R语言处理植物病害数据 R语言处理空间地图数据
2023-07-15
生物信息学
#生物信息学

一种核心微生物的鉴定方法

12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273747576777879808182838485868788899091929394959697989910010110210
2023-06-08
生物信息学
#生物信息学

一行linux命令实现批量sra转fastq

123ls data/sra/ | while read id; do parallel-fastq-dump -s ./data/sra/$id --o ./data/fastq --split-files -t 30; donenohup ls data/sra | while read id; do hisat2 -p 30 -x index/genome.index -1 data/fas
2022-12-12
生物信息学
#生物信息学

使用tidyverse遇到的一个问题

1234567library(tidyverse)iris %>% dplyr::mutate(temp = case_when( Species == "setosa" ~ "lp", TRUE ~ Species )) 报错: 123456Error in `dplyr::mutate()`:! Problem while computing `temp = case_
2022-11-23
生物信息学
#生物信息学

使用ImageJ计算叶片面积

后续要扫描大量的水稻叶片然后计算病斑数量,之前没有使用过ImageJ这个软件,今天下午学了一下,成功get扫描一个图片中多个叶片面积的方法。
2021-01-30
技能
#技能

依赖茉莉酸的长久免疫记忆需要DNA甲基化的参与

文献信息 Wilkinson S W, Hannan Parker A, Muench A, et al. Long-lasting memory of jasmonic acid-dependent immunity requires DNA demethylation and ARGONAUTE1[J]. Nature Plants, 2023: 1-15. 研究背景 水杨酸(SA)参与的防
2023-01-11
文献阅读
#文献阅读

利用ImageJ批量计算叶片面积

我以为只有在Linux上才能批量进行图片处理,没想到啊ImageJ在Windows上也可以。
2021-02-02
技能
#技能

去除序列中的*号

123456789101112131415161718192021222324252627282930import osimport reimport argparseimport subprocessparser = argparse.ArgumentParser(description="You should add those parameters")parser.add_argument(
2022-04-07
生物信息学
#生物信息学 #Python

受胁迫植物的表观遗传记忆

文献信息 Gallusci P, Agius D R, Moschou P N, et al. Deep inside the epigenetic memories of stressed plants[J]. Trends in Plant Science, 2022.00266-7?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretr
2023-01-23
文献阅读
#文献阅读

命令行的艺术

以下内容来自:https://github.com/jlevy/the-art-of-command-line/blob/master/README-zh.md 命令行的艺术 前言 基础 日常使用 文件及数据处理 系统调试 单行脚本 冷门但有用 仅限 OS X 系统 仅限 Windows 系统 更多资源 免责声明 熟练使用命令行是一种常常被忽视,或被认为难以掌握的技能,但实际上,它会提高你作
2022-01-05
生物信息学
#生物信息学
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