生物信息学常用的分析方法和相应的软件及代码
基因组序列质控 trimmomatic：过滤低质量的reads 基因组大小估计基于k-mer的方法 KAT：k-mer提取和计数 GenomeScope：评估基因组大小 estimate_genome_size.pl：估计基因组大小 基因组组装Hi-Fi数据 Hifiasm：Hi-Fi数据组装 ONT数据 Canu：基因组组装 SMARTdenovo：将reads组装为contig 染色体
DNA甲基化数据分析流程
参考文献 Wilkinson S W, Hannan Parker A, Muench A, et al. Long-lasting memory of jasmonic acid-dependent immunity requires DNA demethylation and ARGONAUTE1[J]. Nature Plants, 2023: 1-15. 原始数据：点击查看 参考基因组E
git同时管理GitHub与Gitee
12345678910111213141516171819202122232425261. 查看远程仓库地址git remote -v2. 重命名远程仓库git remote rename origin github3. 添加新的远程仓库git remote add gitee https://gitee.com/gozhuyinglong/blog-demos.git4. 多个远程仓库推拉git
R语言生成Linux命令
1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041rm(list = ls())pac4xiang::loadmypackages()df.id <- data.table::fread("id.txt", header = FALSE)comm <- NULLfor (i in df.id
MCScanX遇到的一个坑
输入一个巨大的基因组都没有得到结果，最后发现gff文件需要整理成这样的才行： 123456789101_352 Zm00001eb015320_T001 52489256 524909011_352 Zm00001eb015320_T002 52489256 524909011_352 Zm00001eb015320_T003 524894
相关性分析和回归分析
一直把相关性分析和回归计算搞混，某次组会下定决心把这两个东西分清楚。 Items 相关性 简单回归 量化关系方向 √ √ 量化关系强度 √ √ 展示因果和效应 × √ 是否能够进行预测 × √ 变量之间的位置是否能够互换 √ × 表达方式 一个数值 一个等式 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmai
记录一次hexo无法推送的解决方法
突然就不能将博客推送上服务器，重启服务器和电脑都没用，还把软件都重新装了一遍，还是不行。 最后是把git ssh的公钥重新生成，把服务器上的authorized_keys替换成新的公钥才解决这个问题。 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
NCBI爬取单子叶双子叶信息
12345678910111213141516171819202122import osimport requestsfrom bs4 import BeautifulSoupimport refile_write = open("/home/lixiang/temp_file/latin.name.group.txt","w")cot_list = ["eudicots", "monocots"