Linux Tips 统计某个特定字符串出现的次数: 1grep -c '>' filename 查看某个特定字符出现的行数: 1grep -n '>' filename 根据gff文件提取基因序列: 12awk '{if ($3=="gene") print}' ylg.gff3 > ylg.gene.gff3bedtools getfasta -fi your_fasta.file -bed 2021-04-05 Linux #Linux
R包安装报错及其解决方法 123*** arch - R ERROR: sub-architecture 'R' is not installed *** arch - R.dpkg-new ERROR: sub-architecture 'R.dpkg-new' is not installed *** arch - R.dpkg-tmp ERROR: sub-architecture 'R.dpkg-tmp' is 2022-03-27 生物信息学 #生物信息学
Ubuntu服务器安装R包mlr3verse mlr3verse是R里面机器学习中的集大成者。但是我死活安装不上。把交换内存搞到了120G还是报错。真的是要炸了。突然想到,可以用conda安装啊。 12conda install -c conda-forge r-mlr3versesudo ln -s /home/lixiang/miniconda3/lib/R/library/R62S3 /usr/local/lib/R/site-libr 2022-03-22 生物信息学 #生物信息学
NBS-LRR基因知识 NBS-LRR的结构和生物学功能从结构上判断一个基因是不是NBS-LRR基因的方法是看其是否具有NBS结构域和LRR结构域。NBS结构域通常在蛋白的中间区域,长度大概是300个氨基酸;LRR结构域通常是在蛋白的C端,长度大概是20-30个氨基酸。 NBS-LRR也被称为NB-ARC,或者直接叫做NLR,但是在相关研究中使用最广泛的名称还是NBS-LRR。 NBS-LRR是植物抗性蛋白中最重要的结构 2022-08-14 文献阅读 #分子生物学
崩溃的一天-配置Minigraph-Cactus 看到这篇文章: 参考文献: Hickey G, Monlong J, Ebler J, et al. Pangenome graph construction from genome alignments with Minigraph-Cactus[J]. Nature Biotechnology, 2023: 1-11. 官方推荐使用docker安装,可是真的不想在实验室服务器上安装doc 2023-11-02 生物信息学 #生物信息学
Nginx一个域名实多个项目管理+域名跳转 点击查看正文 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com 2022-08-09 生物信息学 #生物信息学
qPCR注意事项 参考文献: Bustin S A, Beaulieu J F, Huggett J, et al. MIQE precis: Practical implementation of minimum standard guidelines for fluorescence-based quantitative real-time PCR experiments[J]. 2010. 💌lixi 2021-11-27 分子生物学 #生物信息学 #分子生物学 #qPCR
安装MCScanX 点击下载软件压缩包 解压后进入到目录,运行: 1make 如果报错g++: fatal error: 已终止 signal terminated program cc1plus,那就需要修改虚拟内存大小,参考文章https://blog.web4xiang.top/posts/ubuntumemary/。 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gm 2022-03-19 生物信息学 #生物信息学
Hexo博客搭建中遇到的问题及解决方法 公式渲染问题 12npm uninstall hexo-renderer-marked --savenpm install hexo-renderer-kramed --save 找到node_modules\kramed\lib\rules\inline.js这个文件,修改对应位置: 12345// escape: /^\\([\\`*{}\[\]()#$+\-.!_>])/, e 2021-12-20 软件使用 #软件使用 #博客搭建
R语言传参示例 1234567891011121314rm(list = ls())args <- commandArgs()df = data.table::fread(args[1], encoding = "UTF-8") %>% dplyr::mutate(n = stringr::str_length(sequence))df = df %>% tibble::add_row( 2022-04-23 生物信息学 #生物信息学 #R