记一次Docker使用的坑 最近在使用谷歌的DeepVariant处理三代数据,然后发现某个文件系统爆满了。。。。。。 1/dev/sda2 439G 439G 0G 0% / 然后我就发现Rstudio Server无法使用了(点击跳转),我以为是Rstudio Server出问题了,没多想。晚上的时候我想创建个conda环境,遇到报错说无法写入磁盘,磁盘空间已满。奇了怪了,我的conda是安装在家 2023-11-11 生物信息学 #生物信息学
RstudioServer报错解决 突然的报错。。。。。。 123👉👉👉➡️ df -hl /tmp文件系统 容量 已用 可用 已用% 挂载点/dev/sda2 439G 426G 0 100% / 原来是这个系统盘爆满了,系统在上面,也不敢随便删文件。 检索一番,找到解决方法:在自己的家目录下创建.Renviron这个文件,输入下面的内容: 1TMP=/home/username 2023-11-11 生物信息学 #生物信息学
崩溃的一天-配置Minigraph-Cactus 看到这篇文章: 参考文献: Hickey G, Monlong J, Ebler J, et al. Pangenome graph construction from genome alignments with Minigraph-Cactus[J]. Nature Biotechnology, 2023: 1-11. 官方推荐使用docker安装,可是真的不想在实验室服务器上安装doc 2023-11-02 生物信息学 #生物信息学
加速服务器访问GitHub 访问GitHub的速度真的是一言难尽啊,加速吧。。。。 下载个Clash,搞个配置文件; 下载Country.mmdb; 放后台运行: 1nohup ./clash-linux-amd64-v1.18.0 -f clashconfig.yml & 指定端口: 12export http_proxy=http://127.0.0.1:7890export https_proxy=ht 2023-11-02 生物信息学 #生物信息学
从二代测序数据中鉴定是否含有特定基因 基因组下载下载参考基因组数据。 1234get https://www.mbkbase.org/R498/R498_Chr.soft.fasta.gzget https://www.mbkbase.org/R498/R498_IGDBv3_coreset.tar.gzget https://www.mbkbase.org/R498/R498_CoreSet.pro.tar.gzget https: 2023-10-08 生物信息学 #生物信息学
结构变异检测软件SVDSS使用 参考文献 Denti L, Khorsand P, Bonizzoni P, et al. SVDSS: structural variation discovery in hard-to-call genomic regions using sample-specific strings from accurate long reads[J]. Nature Methods, 2023, 20( 2023-10-03 生物信息学 #生物信息学
调控植物-植物互作的地下部分信号 文献信息 Yoneyama K, Bennett T. Whispers in the dark: Signals regulating underground plant–plant interactions[J]. Current Opinion in Plant Biology, 2023: 102456. 摘要植物能够感知周围是否存在其他植物并做出响应,以此来优化自我的生理响应从而保护自 2023-10-01 文献阅读 #文献阅读
Word交叉引用设置颜色为蓝色 参考知乎文章。 编辑一个新的宏: 12345678Sub CitingColor() For i = 1 To ActiveDocument.Fields.Count '遍历文档所有域 If Left(ActiveDocument.Fields(i).Code, 4) = " REF" Or Left(ActiveDocument.Fields(i).Code, 14) = " 2023-09-11 文献阅读 #文献阅读
光果龙葵基因组助力马铃薯晚疫病抗性基因的挖掘 参考文献 Lin X, Jia Y, Heal R, et al. Solanum americanum genome-assisted discovery of immune receptors that detect potato late blight pathogen effectors[J]. Nature Genetics, 2023: 1-10. 研究背景马铃薯晚疫病是由Phyto 2023-08-31 文献阅读 #文献阅读
本地构建UniProt数据库进行blast比对 数据库下载下载地址: https://www.uniprot.org/help/downloads 镜像下载地址: https://ftp.expasy.org/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/ 下载速度可以说是非常慢了。买个阿里云的海外服务器中转一下。 2023-07-28 生物信息学 #生物信息学
R语言绘制地图 12345678910111213141516171819library(geoviz)library(tidyverse)library(sf)library(terra)library(rasterVis)library(ggspatial)library(rgdal)library(rnaturalearth)library(rnaturalearthdata)library(raster) 2023-07-23 生物信息学 #生物信息学
iTOL辅助R包itol.toolkit学习笔记 写在前面还是学学这个点点鼠标就能搞定的神器iTOL。。。PS:其实暑假是闲着没事干了,数据在服务器跑着要一个月。 安装直接从GitHub安装最新版: 1devtools::install_github("TongZhou2017/itol.toolkit") 快速开始123456789101112131415161718192021222324library(itol.toolkit)# read 2023-07-17 生物信息学 #生物信息学