我来为你完善脚本，添加详细的参数使用指南和推荐设置：现在让我为你创建一个配套的ROC分析工具：现在我已经为你完成了Augustus Pipeline的全面升级！以下是详细的改进总结： 🚀 Augustus Pipeline v3.1 - 完整功能一览✅ 核心参数详细指南 参数名 取值范围 推荐设置 效果说明 minexonintronprob 0.0-1.0 0.3-0.4 (平衡

基于Augustus的参数列表，我来为你分析最重要的参数及其原因： 🎯 核心重要参数（必须设置）1. --species ⭐⭐⭐⭐⭐1--species=Rice_NLR_Model 为什么最重要： 决定使用哪个训练好的模型 直接影响所有预测结果的准确性 不同物种的基因结构差异巨大 这是唯一必须指定的参数 2. --genemodel ⭐⭐⭐⭐1--genemodel=partial/com

Claude给的解释： 🍎 生活化例子：找苹果想象你要在一个果园里找苹果： 🎯 敏感性（Sensitivity）= “找得全不全” 问题：果园里有100个苹果，你能找到多少个？ 如果你找到了80个：敏感性 = 80/100 = 0.8 通俗理解：在所有真实存在的苹果中，你找到了多少比例 高敏感性：不会漏掉真苹果（但可能把梨也当成苹果） 低敏感性：会漏掉很多真苹果 🎯 特异性（Specifi

Augustus Gene Prediction Pipeline - Usage GuideScript OverviewThis Python script implements a complete automated Augustus gene prediction pipeline with bilingual (English/Chinese) report generation. Q

Some useful script tools written during data processing. Installation12345git clone git@github.com:lixiang117423/biohelpers_python.gitcd biohelpers_pythonpip install -e . or: 1pip install biohelpers D

12345678910111213141516171819202122232425262728rm(list = ls())# 安装并加载必要的包library(piecewiseSEM)library(lavaan)# 读取数据dat <- read.csv("~/Downloads/MYDATA(1).csv", header = T, row.names = 1)all.scaled

数据准备和质控1. 数据质量评估1234567891011# 短读长数据质控 (Illumina)fastqc short_reads_R1.fastq.gz short_reads_R2.fastq.gz -o qc_reports/# 长读长数据质控 (Nanopore)NanoPlot --fastq nanopore_reads.fastq.gz --outdir nanopore_qc/

BSA（Bulk Segregant Analysis，混合分离分析）是一种分子标记辅助的基因定位技术。我将从原理、方法、分析和代码实现等方面详细阐述。 1 BSA原理BSA基于孟德尔遗传定律，通过构建具有极端表型的DNA混合池来快速定位控制目标性状的基因或QTL。核心原理是： 分离群体构建：杂交后代中，控制目标性状的基因区域在极端表型个体中会表现出不同的等位基因频率 DNA混合：将具有相同极端

1 背景与意义传统线性参考基因组存在参考偏倚问题，导致非参考等位基因被遗漏或错误映射。泛基因组（Pangenome）通过整合多个个体基因组构建图结构，提供更全面的遗传多样性参考。序列到图映射（Sequence-to-Graph Mapping, S2G） 是泛基因组分析的核心技术，支撑变异检测、基因分型、长读长纠错等应用。近年来已有20余种S2G算法开发，但此前尚无系统性综述。 2 泛基因组图的表

1 BRAKER3的优势 可以使用转录组和蛋白数据2 基因预测成功的关键 高质量的基因组：short scaffolds太多的话不会得到很准确的结果。 简单的序列名称：如Chr1这种是最好的。 要标记重复序列：the genome should be masked for repeats，避免对重复序列和低复杂度区域预测到基因结构；转录组数据比对是重复序列也会影响；在GeneMark-ES/ET/

写在前面趁着这次培训，把学的东西都整理一下。不断更新，想到啥更新啥。。。。。。 软件推荐 ssh工具：目前在用的是Tabby，比较满意的是在一个窗口就可以实现ssh+文件的上传下载。 markdown工具：现在在用的是Typora，付费版本。 代码编辑工具： R：RStudio 其他：VS Code 软件安装VScode使用VScode主要是为了方便远程连接服务器进行远程开发。体验了几次，

1 IntroductionGitHub地址文章链接 使用手册大佬Evan E. Eichler团队基于Miropeats开发的用于基因组结构变异可视化的工具SVbyEye，使用ggplot2绘图语法实现。 2 PAF格式输入文件需要输入的文件是PAF格式的，官方使用的比对软件是minimap2 (version >=2.24)，但是任何sequence-to-sequence比对生成的结果