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R语言周末班授课大纲

第01讲 R语言简介与如何学习编程 第02讲 搭建R环境与基本使用 第03讲 数据结构(向量、矩阵、多维数组) 第04讲 数据结构(列表、数据框) 第05讲 数据结构(因子、字符串、日期时间) 第06讲 控制结构(分支循环) 第07讲 函数自定义 第08讲 数据读写 第09讲 数据拼接 第10讲 数据重构 第11讲 数据操作(选择列修改列) 第12讲 数据操作(筛选行分组汇总) 第13讲 数据操
2022-04-12
生物信息学
#生物信息学

R语言传参示例

1234567891011121314rm(list = ls())args <- commandArgs()df = data.table::fread(args[1], encoding = "UTF-8") %>% dplyr::mutate(n = stringr::str_length(sequence))df = df %>% tibble::add_row(
2022-04-23
生物信息学
#生物信息学 #R

R语言批量合并Excel文件

离开实验室的时候一个同学在合并他们班的某个汇总表。常规操作,一个一个的复制粘贴的。我就想,这个肯定可以用编程搞定啊,Python或者R都行。回来就 R写了个代码,编了10000个文件用于代码测试。代码如下。
2020-01-07
R语言
#R语言

R语言机器学习框架mlr3学习笔记

mlr3verse基础mlr3verse其实是个框架,整合了各种机器学习算法。其底层的使用R6语法和data.table数据流;支持并行,可以搭建”图”流学习器。 几点技术说明: 使用帮助:?+对象名字,或者对象$help,如learner$help(). 某些对象不是数据框,as.data.table()转化成数据框再进行查看。 超参数调参需要找到原始函数对应的包的函数帮助。 任务类型 连续
2023-02-10
生物信息学
#生物信息学

R语言学习资料推荐

如何快速学习我个人觉得最好的学习方法是这样的: 夯实基础:先把基础打牢(建议学习路径部分); 项目实战:从项目出发,比如我想做微生物组分析,那就去找一篇经典的文献,学习其中的代码,把每行代码的意思搞懂,弄清楚需要的数据类型和结构,自己做项目分析的时候直接套用即可。 先让代码无报错的跑起来,再完善代码的可读性。切记:我们的目的是完成数据分析和可视化,而不是写很好看的代码!!! 建议学习路径 R、
2023-04-14
生物信息学
#生物信息学

R语言自动跳过Error实现循环

经常要批量读取网页文件,有时候URL会报错,循环的程序就断开了,很麻烦。学习到一种tryCatch的方法。 12345678910111213141516171819202122for (i in 1:nrow(kegg.id)) { tryCatch({ Sys.sleep(0.5) KEGGREST::keggGet(kegg.id$id[i]) -> temp
2023-03-02
生物信息学
#生物信息学

R语言笔记

概览 R语言基础R语言简介R语言应用谷歌学术2022年8月10日截图: 软件安装如果电脑分成系统盘(C盘)和非系统盘(非C盘),先在非C盘的位置创建文件夹R,然后安装R和RStudio的时候选择安装在这个路径。 R 所有版本下载地址 Windows旧版本下载地址 RStudio 官网下载地址 rtoolsrtools的作用可以简单理解为有时候有些R包的安装需要用rtools编译才能安装。 注
2022-08-10
生物信息学
#生物信息学 #R

R语言常用Tips

经常要用到R,有些小技巧每次都要去查,比较麻烦,干脆记录一下。 软件安装 安装Rtools: 安装 Rtools4.0,安装包:https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ 配置环境 在 RStudio 里面运行以下脚本: 1writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con
2021-01-18
R语言
#R语言

R语言绘制地图

12345678910111213141516171819library(geoviz)library(tidyverse)library(sf)library(terra)library(rasterVis)library(ggspatial)library(rgdal)library(rnaturalearth)library(rnaturalearthdata)library(raster)
2023-07-23
生物信息学
#生物信息学

Tools4You教程1:关于Tools4You + t检验

Tools4You是什么Tools4You是一个基于R shiny的网页工具,能够完成常见的统计分析及数据可视化。
2021-01-15
Tools4You
#Tools4You

R语言生成Linux命令

1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041rm(list = ls())pac4xiang::loadmypackages()df.id <- data.table::fread("id.txt", header = FALSE)comm <- NULLfor (i in df.id
2023-01-10
生物信息学
#生物信息学

Tools4You教程4:PCA

PCA简介PCA(Principal Component Analysis,主成分分析)是常见的降维方法,在生命科学中应用广泛。
2021-01-28
Tools4You
#Tools4You
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