R语言笔记
概览 R语言基础R语言简介R语言应用谷歌学术2022年8月10日截图： 软件安装如果电脑分成系统盘（C盘）和非系统盘（非C盘），先在非C盘的位置创建文件夹R，然后安装R和RStudio的时候选择安装在这个路径。 R 所有版本下载地址 Windows旧版本下载地址 RStudio 官网下载地址 rtoolsrtools的作用可以简单理解为有时候有些R包的安装需要用rtools编译才能安装。 注
Docker配置阿里云镜像
登录阿里云获取专用镜像链接：https://cr.console.aliyun.com/cn-hangzhou/instances/mirrors 修改配置文件 1sudo vi /etc/docker/daemon.json 加入下面的内容： 123{ "registry-mirrors": ["https://xxxxxxx.mirror.aliyuncs.com"]} 💌l
Rmawkdown模板
12345678910111213---title: "YYT data analysis report"author: "Xiang Li"date: '2022-06-06'output: html_document: toc: true toc_depth: 3 toc_float: true #theme: united css: style.css
NCBI基因组ftp下载连接
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/ ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/ ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/ 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
R语言传参示例
1234567891011121314rm(list = ls())args <- commandArgs()df = data.table::fread(args[1], encoding = "UTF-8") %>% dplyr::mutate(n = stringr::str_length(sequence))df = df %>% tibble::add_row(
GAPIT3笔记
安装 服务器编译失败，转用腾讯云安装，然后将对应的R包拷贝到服务器上。 示例 12345678910111213library(GAPIT3)myY <- read.table("~/temp_file/GAPIT3-master/inst/extdata/mdp_traits.txt", head = TRUE)myGD=read.table(file="~/temp_file/G
dplyr提取列表元素
1dplyr::mutate(geneid = stringr::str_split(id, "-") %>% sapply("[", 3)) 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
R语言周末班授课大纲
第01讲 R语言简介与如何学习编程 第02讲 搭建R环境与基本使用 第03讲 数据结构（向量、矩阵、多维数组） 第04讲 数据结构（列表、数据框） 第05讲 数据结构（因子、字符串、日期时间） 第06讲 控制结构（分支循环） 第07讲 函数自定义 第08讲 数据读写 第09讲 数据拼接 第10讲 数据重构 第11讲 数据操作（选择列修改列） 第12讲 数据操作（筛选行分组汇总） 第13讲 数据操
HRP鉴定NB-LRR基因所有代码
123456789101112131415161718bash /usr/bin/interproscan.sh -f TSV -app Pfam -i data/proteins.fa -b results/1-interproscangrep NB-ARC results/1-interproscan.tsv | cut -f1,7,8 > results/2-interproscan.