从二代测序数据中鉴定是否含有特定基因
基因组下载下载参考基因组数据。 1234get https://www.mbkbase.org/R498/R498_Chr.soft.fasta.gzget https://www.mbkbase.org/R498/R498_IGDBv3_coreset.tar.gzget https://www.mbkbase.org/R498/R498_CoreSet.pro.tar.gzget https:
从bam文件中提取比对上与否的序列
123samtools view -f 4 file.bam > unmapped.samsamtools view -b -f 4 file.bam > unmapped.bamsamtools view -b -F 4 file.bam > mapped.bam 1samtools view x.bam | awk '$3=="*" {print ">"$1"\n"$1
单细胞数据分析学习笔记
软件安装R包123install.packages("Seurat")BiocManager::install("scater")BiocManager::install("monocle") 参考文献选择最近发表者Science上的这篇文章的数据进行分析联系。 Nolan T M, Vukašinović N, Hsu C W, et al. Brassinosteroid gene regu
记录转录组遇到的一个坑
跑水稻的转录组，96个样品。 前面的所有流程都没有问题，跑到Counts计数的时候，全部都是0！！！不管是HtSeq还是FeatureCounts，计算出来全部都是0。然后我重新下载了别的参考基因组和注释信息，跑出来完全没有问题。一直不知道是哪里出现了问题。我也忘记是怎么排查的了，发现基因组染色体的名称和gtf文件里面的不一样： 基因组文件的染色体编号： 123456789101112>
通过Linux命令行使用Aspera全速上传测序数据到NCBI数据库
每试错一次，就离本质就更近一步。——小蓝哥 为什么要上传数据实验室同学找我帮忙上传宏基因组数据到NCBI，大概是45G。NCBI提供了很多种可供选择的上传方式：
NCBI-blast-本地比对
安装 Blast +将下载的安装包解压缩后安装对应的.exe文件即可，安装完成后将安装目录下的bin文件夹的路径添加到环境变量中的Path中。 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ 构建比对数据库可以利用自带的函数下载数据库： 1nohup perl update_blastdb.pl --decompress nt &> update.log &