一行linux命令实现批量sra转fastq 123ls data/sra/ | while read id; do parallel-fastq-dump -s ./data/sra/$id --o ./data/fastq --split-files -t 30; donenohup ls data/sra | while read id; do hisat2 -p 30 -x index/genome.index -1 data/fas 2022-12-12 生物信息学 #生物信息学
Linux运维笔记 系统相关 强制重启报错,重启后无法进入系统。解决方法:重启后按上下键,选择第三个内核进入系统。 软件安装用户相关Docker相关 暂停并移除所有的容器和镜像 123456docker ps -aqdocker stop $(docker ps -aq)docker rm $(docker ps -aq)docker rmi $(docker ps -aq)docker rmi $(docker 2022-12-07 生物信息学 #生物信息学
alias传参简写命令 查询历史命令,找到相关的命令并查看最近的: 1alias hg='_hg(){history | grep $1 | tail};_hg' 2022-12-05 生物信息学 #生物信息学
使用tidyverse遇到的一个问题 1234567library(tidyverse)iris %>% dplyr::mutate(temp = case_when( Species == "setosa" ~ "lp", TRUE ~ Species )) 报错: 123456Error in `dplyr::mutate()`:! Problem while computing `temp = case_ 2022-11-23 生物信息学 #生物信息学
wiki.js部署 安装PostgreSQL1234567891011121314151617181920212223242526sudo apt update && sudo apt upgradesudo apt-cache search postgresql | grep postgresqlsudo sh -c 'echo "deb http://apt.postgresql.org/pub/ 2022-11-21 生物信息学 #生物信息学
Ubuntu服务器Rstudio-server报错 突然无法登录Rstudio Server,后台报错: 1ERROR The previous R session terminated abnormally; LOGGED FROM: rstudio::core: 实在是找不到报错的原因,kill掉Rsession也不行,重启服务器也不行。 解决方案如下: 删除用户目录下的这个文件夹即可.local/share/**rstudio**。 2022-11-17 生物信息学 #生物信息学
NCBI爬取单子叶双子叶信息 12345678910111213141516171819202122import osimport requestsfrom bs4 import BeautifulSoupimport refile_write = open("/home/lixiang/temp_file/latin.name.group.txt","w")cot_list = ["eudicots", "monocots" 2022-11-15 生物信息学 #生物信息学
blogdown部署到云服务器 部署到服务器服务器端服务器端主要是构建目录接受和存放博客内容。 eval1234567mkdir myblogcd mybloggit init --bare myblog.gitvi myblog.git/hooks/post-receive## 输入下面一行内容,目录换成自己的git --work-tree=/home/hexo/blog --git-dir=/home/hexo/hexo.g 2022-11-05 生物信息学 #生物信息学
bedtools报错序列长度不一样的解决方法 使用bedtools提取结构域序列报错: ERROR: mismatched line lengths at line 57775 within sequence Actinidia07630t11288xxPlantKGA_3 解决方法: 使用博德研究所的picard(地址:https://github.com/broadinstitute/picard/releases/tag/2.27 2022-10-28 生物信息学 #生物信息学
qPCR:从样品采集到表达量计算 参考文献 Taylor S C, Nadeau K, Abbasi M, et al. The ultimate qPCR experiment: producing publication quality, reproducible data the first time[J]. Trends in Biotechnology, 2019, 37(7): 761-774. 采样计划 有多少个处 2022-10-24 生物信息学 #生物信息学