TASSEL进行GWAS分析
一开始折腾的是GAPIT，可是老是报错，实在是没办法了，就折腾TASSEL. 参考文献 Bradbury P J, Zhang Z, Kroon D E, et al. TASSEL: software for association mapping of complex traits in diverse samples[J]. Bioinformatics, 2007, 23(19): 263
真菌分泌蛋白预测流程
软件配置DeepLoc 2.0参考文献： Thumuluri V, Almagro Armenteros J J, Johansen A R, et al. DeepLoc 2.0: multi-label subcellular localization prediction using protein language models[J]. Nucleic acids research, 2
遗传力的概念和计算
前言在作物育种过程中，通常会有多年多点的试验，这种试验通常叫做多环境试验（multi-environment trial，MET）。为了对MET进行准确的测量、最终实现实现MET的准确比较，育种学家通常会计算广义遗传力和狭义遗传力。这个文档主要有三个目的： 说清楚遗传力的概念； 展示使用合适的方法计算遗传力； 提供稳定的方法计算和比较田间试验的准确信。 遗传力的定义下图A中的公式表示表型可以用
自动下载校验fastq文件
首先，直接在ENA上检索想要下载的数据，如： 有两个信息很重要，MD5值和Aspera链接。 选择TSV下载格式将信息下载下来，然后使用R进行处理，获得最终要的数据格式。R代码如下： 1234567891011121314151617181920212223rm(list = ls())dir("data/生信挖掘/水稻多效基因/data/ENA下载信息/") %>% as.data.
BLUP和BLUE
为何要计算 BLUE 值？一年多点或者多年多点的植物数据中，一个基因型（品种）往往有多个表型数据，但只有一个基因型，在 GWAS 关联分析中，就需要一个基因型对应一个表型数据。 之所以有多个表型数据的原因： 或者是多个重复 或者是多个地点的数据 或者是多个年份的数据 问题：如何计算得到一个表型数据呢？ 解答：可以使用多个表型值的平均值，作为品种的表型值，现在有更好的方法：BLUE 值。 为何使
Positron设置快捷键
毫无疑问，Positron是非常好用的，可是一些快捷键无法设置，那就直接编辑快捷键吧。 找到Positron的安装路径下的这个文件keybindings.json，我的路径是： 1C:\Users\xxx\AppData\Roaming\Positron\User\keybindings.json 我编辑的是我自己常用的三个快捷键： 123456789101112131415{ "k
NCBI数据库BioProject中的Description
1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344import requestsfrom bs4 import BeautifulSoupfile_path = "D:/OneDrive/NAS/科研相关/PhData/data/生信挖掘/水稻多效基因/data/NCBI.BioProjec
代谢物鉴定函数
123456callDAMs(metabolites.table = metabolites.table, phenotype.table = phenotype.table, group.table = group.table, use.lm = TRUE, use.cor = TRUE, lm.R2 = 0.5)
JASPAR爬取Class信息
12345678910111213141516171819202122232425262728import requestsfrom bs4 import BeautifulSoupfile_out = open("D:/群晖NAS/Desktop/MEME网站结果/JASPAR.爬虫结果.txt", "w")with open("D:/群晖NAS/Desktop/MEME网站结果/JASPAR.