如何批量从NCBI下载基因组数据
想下载几千个细菌的基因组做泛基因组分析，结果啊总是网络错误下载失败。于是我就搜了搜，发现这个： Genomes Download (FTP) FAQ 发现这个链接的命名非常有规律可循。 那就R语言伺候： 1234567891011121314df.bins.pan.info %>% dplyr::select(`Assembly Accession`, `Assembly Name`
密度分布顶点坐标查找
1density(rht_results$RHT, na.rm = TRUE)$x[which.max(density(rht_results$RHT, na.rm = TRUE)$y)] 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
尿囊素保护番茄免受UV-C胁迫
编者注：2018年New Phytologist 上发表了一篇文章Kin recognition in rice (Oryza sativa) lines$^{[1]}$，在水稻根系分泌物中有一种关键的化合物：尿囊素（allantoin, AT）——可以作为水稻品种间亲缘识别的关键物质。 这篇文章主要讲的是AT在作物非生物胁迫上的效应。
小蓝哥的生信专刊
LinuxR软件安装 Ubuntu安装gdtools报错fatal error: cairo-ft.h 1sudo apt install libcairo2-dev PythonOther 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
尿囊素在植物响应非生物胁迫中的作用
点击下载文献PDF版本 摘要尿囊素是植物氮素移动相关的嘌呤分解代谢通路中的中间产物，其广泛地存在于植物中，是植物中重要的氮素形态。近些年的研究表明尿囊素能够有效增强植物对干旱胁迫、盐胁迫、冷害胁迫、重金属胁迫及辐射胁迫等非生物胁迫的耐受性。尿囊素含量的积累会诱导ABA生物合成相关基因的表达，从而激活下游胁迫相关基因的表达。当尿囊素作为信号物质进行外源施用时，会导致ABA和JA通路的串扰，从而增强植
我的生信之路
一直想写写自己的生信之路，一直耽误，一直没有完成，今天收完实验室，晚上写写这个，就当放松了。 我的生信水平按照行业的说法，我现在的水平就是Level 0。简单来说就是跑流程。转录组、微生物组、代谢组啥的都能跑跑流程。 初识生信那是我刚刚本科毕业的时候，2018年7月的时候，由于考研考的本校，本科毕业就直接进实验室继续做实验学习。那时候我根本不知道什么是生物信息学，只是听导师偶尔提提。当时手里在做的
快速获取GO注释信息
1234567AnnotationDbi::select( GO.db, keys = keys(GO.db, keytype = "GOID"), columns = c("TERM","ONTOLOGY"), keytype="GOID") %>% magrittr::set_names(c("go.id", "go.term", "go.ontology")) ->
我的starship配置文件
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