Ubuntu折腾edgeR的安装 首先是conda报错: 12345Collecting package metadata (current_repodata.json): doneSolving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.Solving environment: failed with repodata 2022-03-28 生物信息学 #生物信息学
OPLS-DA在R语言中的实现 主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)是一种无监督降维方法,能够有效对高维数据进行处理。但PCA对相关性较小的变量不敏感,而PLS-DA(Partial Least Squares-Discriminant Analysis,偏最小二乘判别分析)能够有效解决这个问题。而OPLS-DA(正交偏最小二乘判别分析)结合了正交信号和PLS-DA来筛选差异变量。 2020-12-13 R语言 #R语言
pip加速 1-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com 2022-01-19 生物信息学 #生物信息学 #Python
Positron设置快捷键 毫无疑问,Positron是非常好用的,可是一些快捷键无法设置,那就直接编辑快捷键吧。 找到Positron的安装路径下的这个文件keybindings.json,我的路径是: 1C:\Users\xxx\AppData\Roaming\Positron\User\keybindings.json 我编辑的是我自己常用的三个快捷键: 123456789101112131415{ "k 2024-07-10 生物信息学 #生物信息学
ggtree学习笔记 写在前面Y叔的ggtree $^{[1]}$ 毫无疑问是当前绘制美化系统发育树(下文简称进化树)的最佳工具,一直想学习,但是都没有真真正正学习过,一是因为网上关于gtree的中文资源较少,另外一个原因是感觉到自己用不上,就没认真学习。春节在家,实在无聊,下定决心学一遍ggtree。下面的内容来自Y叔的博客$^{[2]}$ ,若有不当之处,恳请批评指正。 关于进化树进化树怎么看进化树展示的是进化关系 2021-02-15 R语言 #R语言
RNA-Seq自动化脚本 好的,遵命。这里是拆分后的中文和英文两个独立的 README.md 文件。 中文版本1234567891011121314151617181920212223242526272829# RNA-seq 分析流程这是一个基于 HISAT2 和 StringTie 的自动化 RNA-seq 分析流程。它封装了从原始 FASTQ 文件到最终表达矩阵生成的完整步骤,旨在提供一个简单、高效且可重复的分析体 2025-07-11 生物信息学 #生物信息学
BRAKER学习笔记 1 BRAKER3的优势 可以使用转录组和蛋白数据2 基因预测成功的关键 高质量的基因组:short scaffolds太多的话不会得到很准确的结果。 简单的序列名称:如Chr1这种是最好的。 要标记重复序列:the genome should be masked for repeats,避免对重复序列和低复杂度区域预测到基因结构;转录组数据比对是重复序列也会影响;在GeneMark-ES/ET/ 2025-04-25 生物信息学 #生物信息学
Docker部署nextcloud修改配置文件 找到对应的文件修改即可: 1find /var -name "config.php" 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com 2022-01-17 生物信息学 #生物信息学
PCA提取变量的贡献度 1234567891011121314151617181920212223rm(list = ls())library(vegan)library(ggplot2)library(ggprism)library(FactoMineR)library(factoextra)data("iris")res.pca <- PCA(iris[, 1:4], graph = FALSE)contrib 2022-04-03 生物信息学 #生物信息学
葡萄Science文章基因组学和群体遗传学代码 参考文献 Dong Y, Duan S, Xia Q, et al. Dual domestications and origin of traits in grapevine evolution[J]. Science, 2023, 379(6635): 892-901. 基因组组装和注释12345678910111213141516171819202122232425262728293031 2025-01-07 生物信息学 #生物信息学
宏基因组学习笔记 分析策略以下三个图来自微信公众号[希研未来]。 基于reads 基于组装 基于Bin 软件安装常用的这些软件用Conda或者是mamba都很好处理,但是metaWRAP这个软件是真的难安装啊。踩坑多次终于安装上了: 1mamba create -y --name metawrap-env --channel ursky metawrap-mg=1.3.2 数据配置Che 2023-06-15 生物信息学 #生物信息学