html学习笔记 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273747576777879808182838485868788899091929394959697989910010110210 2023-05-13 生物信息学 #生物信息学
统计建模学习笔记 统计建模什么是统计模型所有的假设统计检验和参数的统计估计都来源于统计模型。那么,什么是统计模型呢?可以将统计模型简单理解为一个数学等式。 概率的类型基本上可以分为两类: aleatory probability:可以理解为客观的概率,不受人为影响,如骰子出现的数字; epistemic probability:主观概率,比如提前知道骰子被动了手脚,那么每个数字出现的概率就不相等了。 概率和统计 2023-05-11 生物信息学 #生物信息学
Windows下Git-bash配置zsh主题 下载zsh安装包https://packages.msys2.org/package/zsh?repo=msys&variant=x86_64 将下载的文件解压后放到Git-bash的安装目录下,如C:\Program Files\Git\git-bash.exe。 在.bashrc文件中加入代码: 123if [ -t 1 ]; then exec zshfi 然后再终端输入zsh即 2023-05-11 生物信息学 #生物信息学
组合遗传变异增强植物生产力 文献信息 Wuest S E, Pires N D, Luo S, et al. Increasing plant group productivity through latent genetic variation for cooperation[J]. Plos Biology, 2022, 20(11): e3001842. 摘要信息 Historic yield advances in 2023-05-09 文献阅读 #文献阅读
不同栽培地点柳枝稷根际微生物群落的遗传决定因素 文献信息 Edwards J A, Saran U B, Bonnette J, et al. Genetic determinants of switchgrass-root-associated microbiota in field sites spanning its natural range[J]. Current Biology, 2023.00398-6?_returnURL=ht 2023-05-06 文献阅读 #文献阅读
多组学解析荞麦抗立枯丝核菌的分子机制 文献信息 Multi-omics analysis reveals the molecular mechanisms underlying virulence in Rhizoctonia and jasmonic acid–mediated resistance in Tartary buckwheat (Fagopyrum tataricum) 研究背景 立枯丝核菌(Rhizoctonia 2023-05-01 文献阅读 #文献阅读
MCScanX遇到的一个坑 输入一个巨大的基因组都没有得到结果,最后发现gff文件需要整理成这样的才行: 123456789101_352 Zm00001eb015320_T001 52489256 524909011_352 Zm00001eb015320_T002 52489256 524909011_352 Zm00001eb015320_T003 524894 2023-04-16 生物信息学 #软件使用
Notung推断基因的丢失和复制事件 Java安装从https://www.java.com/en/download/下载安装Java,一路默认即可,免得环境变量里面没有。 下载Nutong从http://goby.compbio.cs.cmu.edu/Notung/download29.html下载Nutong。解压后找个位置存放。 准备数据需要两个数据: 基因系统发育树:前缀需要有物种名称或者是代码。 物种系统发育树。 2023-04-15 生物信息学 #软件使用
R语言学习资料推荐 如何快速学习我个人觉得最好的学习方法是这样的: 夯实基础:先把基础打牢(建议学习路径部分); 项目实战:从项目出发,比如我想做微生物组分析,那就去找一篇经典的文献,学习其中的代码,把每行代码的意思搞懂,弄清楚需要的数据类型和结构,自己做项目分析的时候直接套用即可。 先让代码无报错的跑起来,再完善代码的可读性。切记:我们的目的是完成数据分析和可视化,而不是写很好看的代码!!! 建议学习路径 R、 2023-04-14 生物信息学 #生物信息学
Ubuntu安装Docker 在 Ubuntu 中安装 Docker 的步骤如下: 更新和升级现有软件包以确保您拥有更新的软件源列表。 12sudo apt-get updatesudo apt-get upgrade 安装 Docker 所需的软件包,可以使用以下命令完成: 1sudo apt-get install apt-transport-https ca-certificates curl gnupg-age 2023-04-09 生物信息学 #软件安装
参与式育种在基因挖掘中的应用 参考文献 Gesesse C A, Nigir B, de Sousa K, et al. Genomics-driven breeding for local adaptation of durum wheat is enhanced by farmers’ traditional knowledge[J]. Proceedings of the National Academy of Scie 2023-04-06 文献阅读 #文献阅读
关于广义遗传力 广义遗传力(broad-sense heritability)是一个用于描述性状在总体中遗传成分所占比例的统计量。它是指由所有基因效应和环境因素共同决定的某个性状的遗传变异部分与总变异部分之间的比例。 广义遗传力包括了所有遗传因素的影响,包括加性、显性、上位和互作效应等。它通常用 H^2 表示,其取值范围为 0 到 1 之间。当 H^2=0 时,表明该性状完全由环境因素决定;当 H^2=1 时,表 2023-04-05 生物信息学 #是生物信息学