配置methylKit环境
各种折腾， 终于安装成功： 123mamba install -c conda-forge -c bioconda bioconductor-methylkit r-xml r-rcurlmamba install -c conda-forge "r-data.table=1.16.4"
BSA测序的原理和分析
BSA（Bulk Segregant Analysis，混合分离分析）是一种分子标记辅助的基因定位技术。我将从原理、方法、分析和代码实现等方面详细阐述。 1 BSA原理BSA基于孟德尔遗传定律，通过构建具有极端表型的DNA混合池来快速定位控制目标性状的基因或QTL。核心原理是： 分离群体构建：杂交后代中，控制目标性状的基因区域在极端表型个体中会表现出不同的等位基因频率 DNA混合：将具有相同极端
生物信息学学习笔记-Willy出版社第四版
第九章-Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis在挑选序列构建系统发育树的时候不能只看序列的名字，更应该看序列之间的相似度。最常用的方法就是BLAST。 怎么看一个系统发育树： 在a中，分支长度是不重要的，支长并不代表分化程度，展示的仅仅只是分支顺序。但是在b图中分支的长度就代表了分化程度。1+2+3表示的是Fly和Mouse之间的分化程度，1+2
Claude新给的两个关于Augusts的脚本
我来为你完善脚本，添加详细的参数使用指南和推荐设置：现在让我为你创建一个配套的ROC分析工具：现在我已经为你完成了Augustus Pipeline的全面升级！以下是详细的改进总结： 🚀 Augustus Pipeline v3.1 - 完整功能一览✅ 核心参数详细指南 参数名 取值范围 推荐设置 效果说明 minexonintronprob 0.0-1.0 0.3-0.4 (平衡
Ubuntu折腾edgeR的安装
首先是conda报错： 12345Collecting package metadata (current_repodata.json): doneSolving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.Solving environment: failed with repodata
OPLS-DA在R语言中的实现
主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）是一种无监督降维方法，能够有效对高维数据进行处理。但PCA对相关性较小的变量不敏感，而PLS-DA（Partial Least Squares-Discriminant Analysis，偏最小二乘判别分析）能够有效解决这个问题。而OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析）结合了正交信号和PLS-DA来筛选差异变量。
pip加速
1-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
Positron设置快捷键
毫无疑问，Positron是非常好用的，可是一些快捷键无法设置，那就直接编辑快捷键吧。 找到Positron的安装路径下的这个文件keybindings.json，我的路径是： 1C:\Users\xxx\AppData\Roaming\Positron\User\keybindings.json 我编辑的是我自己常用的三个快捷键： 123456789101112131415{ "k
ggtree学习笔记
写在前面Y叔的ggtree $^{[1]}$ 毫无疑问是当前绘制美化系统发育树（下文简称进化树）的最佳工具，一直想学习，但是都没有真真正正学习过，一是因为网上关于gtree的中文资源较少，另外一个原因是感觉到自己用不上，就没认真学习。春节在家，实在无聊，下定决心学一遍ggtree。下面的内容来自Y叔的博客$^{[2]}$ ，若有不当之处，恳请批评指正。 关于进化树进化树怎么看进化树展示的是进化关系