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安装安装使用mamba即可。 下载下载地址：https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release214/214.1/auxillary_files/ 下载最大的这个文件： 下载完成后解压即可。 配置初次运行显示： 将数据库软连接过去即可： 1ln -s ~/database/gtdb.v207/* ~/mambaforge/envs/metagen

1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162636465666768697071727374757677787980818283848586878889909192# # Get editor completion

下载安装 Ding W, Baumdicker F, Neher R A. panX: pan-genome analysis and exploration[J]. Nucleic acids research, 2018, 46(1): e5-e5. 我是用mamba安装的： 123mamba create --name panXmamba activate panXmamba insta

想下载几千个细菌的基因组做泛基因组分析，结果啊总是网络错误下载失败。于是我就搜了搜，发现这个： Genomes Download (FTP) FAQ 发现这个链接的命名非常有规律可循。 那就R语言伺候： 1234567891011121314df.bins.pan.info %>% dplyr::select(`Assembly Accession`, `Assembly Name`

安装123mamba create -n magpurify2 mamba activate magpurify2 pip install magpurify2 数据库下载数据库存放在谷歌云盘上，有15G，我选择临时租个阿里云新加坡的服务器下载了再传回来。 12345fileId="1ooWiR3LplBy5GsY5wZ7o6dwswiCWVvmi"fileName="

分析策略以下三个图来自微信公众号[希研未来]。 基于reads 基于组装 基于Bin 软件安装常用的这些软件用Conda或者是mamba都很好处理，但是metaWRAP这个软件是真的难安装啊。踩坑多次终于安装上了： 1mamba create -y --name metawrap-env --channel ursky metawrap-mg=1.3.2 数据配置Che

参考文献 Blanco-Míguez, A., Beghini, F., Cumbo, F. et al. Extending and improving metagenomic taxonomic profiling with uncharacterized species using MetaPhlAn 4. Nat Biotechnol (2023). 官方网站MetaPhlAn 4.0

12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273747576777879808182838485868788899091929394959697989910010110210

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