代谢组S-plot
经过一翻探索，终于把OPLS-DA里面的S-plot给搞清楚了！
多组学解析荞麦抗立枯丝核菌的分子机制
文献信息 Multi-omics analysis reveals the molecular mechanisms underlying virulence in Rhizoctonia and jasmonic acid–mediated resistance in Tartary buckwheat (Fagopyrum tataricum) 研究背景 立枯丝核菌（Rhizoctonia
根际微生物调控水稻分蘖
1 材料方法 实验设计与样本采集 田间试验设计：使用182个基因组测序水稻品种（来自美国农业部水稻种质资源库的Mini-core集合），在两个田间（I和II）随机种植并重复。 微生物与表型数据收集：采集根际微生物样本（基于16S rRNA测序），统计分蘖数，每个品种3-6个生物学重复，共获得2,128个根样本和78,653,817条高质量测序序列。 数据分析：通过线性回归模型评估根际微生物
eggNOG-mapper本地化
从GitHub克隆项目 1git clone https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper.git 下载数据库放在data文件夹下并解压 开始使用 需要安装diamond，版本越新越好 python：需要使用python3 i：输入文件 out：输出文件 m：使用diamond比对 1python emapper.py -i pep.fa --ou
组合遗传变异增强植物生产力
文献信息 Wuest S E, Pires N D, Luo S, et al. Increasing plant group productivity through latent genetic variation for cooperation[J]. Plos Biology, 2022, 20(11): e3001842. 摘要信息 Historic yield advances in
Rstudio-Server安装igraph报错解决
加载igraph时报错： 123错误: package or namespace load failed for ‘phyloseq’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): 无法载入共享目标对象‘/usr/local/lib/R/site-library/igraph/libs/igraph.so’：: libglpk.so.40: 无法打开共享对
配置methylKit环境
各种折腾， 终于安装成功： 123mamba install -c conda-forge -c bioconda bioconductor-methylkit r-xml r-rcurlmamba install -c conda-forge "r-data.table=1.16.4"
BSA测序的原理和分析
BSA（Bulk Segregant Analysis，混合分离分析）是一种分子标记辅助的基因定位技术。我将从原理、方法、分析和代码实现等方面详细阐述。 1 BSA原理BSA基于孟德尔遗传定律，通过构建具有极端表型的DNA混合池来快速定位控制目标性状的基因或QTL。核心原理是： 分离群体构建：杂交后代中，控制目标性状的基因区域在极端表型个体中会表现出不同的等位基因频率 DNA混合：将具有相同极端