一种核心微生物的鉴定方法 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273747576777879808182838485868788899091929394959697989910010110210 2023-06-08 生物信息学 #生物信息学
一行linux命令实现批量sra转fastq 123ls data/sra/ | while read id; do parallel-fastq-dump -s ./data/sra/$id --o ./data/fastq --split-files -t 30; donenohup ls data/sra | while read id; do hisat2 -p 30 -x index/genome.index -1 data/fas 2022-12-12 生物信息学 #生物信息学
使用tidyverse遇到的一个问题 1234567library(tidyverse)iris %>% dplyr::mutate(temp = case_when( Species == "setosa" ~ "lp", TRUE ~ Species )) 报错: 123456Error in `dplyr::mutate()`:! Problem while computing `temp = case_ 2022-11-23 生物信息学 #生物信息学
使用ImageJ计算叶片面积 后续要扫描大量的水稻叶片然后计算病斑数量,之前没有使用过ImageJ这个软件,今天下午学了一下,成功get扫描一个图片中多个叶片面积的方法。 2021-01-30 技能 #技能
依赖茉莉酸的长久免疫记忆需要DNA甲基化的参与 文献信息 Wilkinson S W, Hannan Parker A, Muench A, et al. Long-lasting memory of jasmonic acid-dependent immunity requires DNA demethylation and ARGONAUTE1[J]. Nature Plants, 2023: 1-15. 研究背景 水杨酸(SA)参与的防 2023-01-11 文献阅读 #文献阅读
去除序列中的*号 123456789101112131415161718192021222324252627282930import osimport reimport argparseimport subprocessparser = argparse.ArgumentParser(description="You should add those parameters")parser.add_argument( 2022-04-07 生物信息学 #生物信息学 #Python
受胁迫植物的表观遗传记忆 文献信息 Gallusci P, Agius D R, Moschou P N, et al. Deep inside the epigenetic memories of stressed plants[J]. Trends in Plant Science, 2022.00266-7?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretr 2023-01-23 文献阅读 #文献阅读
命令行的艺术 以下内容来自:https://github.com/jlevy/the-art-of-command-line/blob/master/README-zh.md 命令行的艺术 前言 基础 日常使用 文件及数据处理 系统调试 单行脚本 冷门但有用 仅限 OS X 系统 仅限 Windows 系统 更多资源 免责声明 熟练使用命令行是一种常常被忽视,或被认为难以掌握的技能,但实际上,它会提高你作 2022-01-05 生物信息学 #生物信息学