小蓝哥的知识荒原
  • 首页
  • 归档
  • 分类
  • 标签
  • 关于
  • 友链

结构方程模型计算Fisher's C值

12345678910111213141516171819202122232425262728rm(list = ls())# 安装并加载必要的包library(piecewiseSEM)library(lavaan)# 读取数据dat <- read.csv("~/Downloads/MYDATA(1).csv", header = T, row.names = 1)all.scaled
2025-06-05
生物信息学
#生物信息学

VSCode取消波浪线

取消前是这样的(强迫症患者表示受不了啊。。。。。。): 取消方法: 在设置文件settings.json文件中加入下面的内容即可: 12345"workbench.colorCustomizations": { "editorError.foreground": "#00000000", "editorWarning.foreground": "#00000000
2023-04-05
生物信息学
#软件使用

广义线性模型GLM学习笔记

第一章:导论 定量变量可以叫做协变量,定性变量叫做因子。 因子需要进行数字化编码才能用在统计模型中,转换后叫做伪变量。 因子有n个水平时,伪变量至少需要n-1个。 合适的模型的标准:简单和准确。 第二章:线性回归模型简介与回顾 线性回归模型是广义线性模型的一种特殊形式。 线性回归模型的定义 \begin{cases} var[y_i] = \frac{\sigma^2}{w_i}\\ \mu_
2023-01-22
生物学信息学
#生物信息学

Gemma自动化脚本

GEMMA 自动化 GWAS 分析流程目录 简介 核心功能 环境要求 安装与准备 软件安装 输入文件准备 使用方法 快速开始 参数详解 工作流程详解 输出文件说明 重要注意事项 简介本项目是一个自动化的GWAS(全基因组关联分析)流程脚本,它将从原始的VCF文件和表型数据开始,一直到生成最终的显著性位点列表,极大地简化了使用PLINK和GEMMA进行分析的复杂步骤。 该脚本特别设计用于处
2025-07-11
生物信息学
#生物信息学

python传参示例

12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243import osimport reimport argparseparser = argparse.ArgumentParser(description="You should add those parameters")parser.add_
2022-03-24
生物信息学
#生物信息学

PCA和PERMANOVA分析

PCA这种图,图片上看起来不同的组别之间是有差异的,比如说这个:
2020-01-07
R语言
#R语言

shiny上传文件报错

搭建shiny上传文件报错<html> <head><title>413 Request。奇怪的是大于1M的无法上传,小于1M的可以上传。一番检索发现是Nginx的问题。 shiny如果是用Nginx做的http代理和端口转发,那么Nginx默认可以上传文件大小是1M,需要修改Nginx的配置,在配置文件的http模块里面加入下面的代码: 12# set cli
2022-03-03
生物信息学
#生物信息学 #R

HRP鉴定NB-LRR基因所有代码

123456789101112131415161718bash /usr/bin/interproscan.sh -f TSV -app Pfam -i data/proteins.fa -b results/1-interproscangrep NB-ARC results/1-interproscan.tsv | cut -f1,7,8 > results/2-interproscan.
2022-04-08
生物信息学
#生物信息学

Ubuntu服务器配置静态IP

实验室的服务器需要配置静态IP,折腾了一天都没有搞定。今早上在去实验室的路上突然想到,“我没有重启网络管理器啊😂” 配置IP 123456789auto loiface lo inet loopbackauto eno1np0 # 需要设定的网络端口address x.x.x.x # 固定IP地址netmask x.x.x.x # 掩码gateway x.x.x.x # 网关dns-name
2022-01-04
swxxx
#生物信息学 #软件使用 #Linux

OrthoFinder报错

ChatGPT是这样回答的: 这个错误通常是由于 Python 版本的更新导致的,Python 3.x 不再支持 ‘rU’ 模式。您可以尝试将代码中的 ‘rU’ 替换为 ‘r’,这应该可以解决问题。 如果您使用的是 OrthoFinder 的旧版本,可能需要升级到最新版本以解决此问题。您可以访问 OrthoFinder 的官方网站(https://github.com/davidemms/Or
2023-04-05
生物信息学
#软件相关

NCBI-CDD本地搭建

起因需要大量使用CDD-Search检索结构域,但是网页版有限制,单次序列不能超过1000条(我单次就近条啊),索性直接在服务器上搭建CDD本地版。 数据下载1ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i ~/mambaforge/envs/tools4bioinf/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/pub/m
2023-03-15
生物信息学
#生物信息学

受胁迫植物的表观遗传记忆

文献信息 Gallusci P, Agius D R, Moschou P N, et al. Deep inside the epigenetic memories of stressed plants[J]. Trends in Plant Science, 2022.00266-7?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretr
2023-01-23
文献阅读
#文献阅读
1…24252627

搜索

Hexo Fluid
滇ICP备2021000708号-4