python传参示例 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243import osimport reimport argparseparser = argparse.ArgumentParser(description="You should add those parameters")parser.add_ 2022-03-24 生物信息学 #生物信息学
shiny上传文件报错 搭建shiny上传文件报错<html> <head><title>413 Request。奇怪的是大于1M的无法上传,小于1M的可以上传。一番检索发现是Nginx的问题。 shiny如果是用Nginx做的http代理和端口转发,那么Nginx默认可以上传文件大小是1M,需要修改Nginx的配置,在配置文件的http模块里面加入下面的代码: 12# set cli 2022-03-03 生物信息学 #生物信息学 #R
HRP鉴定NB-LRR基因所有代码 123456789101112131415161718bash /usr/bin/interproscan.sh -f TSV -app Pfam -i data/proteins.fa -b results/1-interproscangrep NB-ARC results/1-interproscan.tsv | cut -f1,7,8 > results/2-interproscan. 2022-04-08 生物信息学 #生物信息学
Ubuntu服务器配置静态IP 实验室的服务器需要配置静态IP,折腾了一天都没有搞定。今早上在去实验室的路上突然想到,“我没有重启网络管理器啊😂” 配置IP 123456789auto loiface lo inet loopbackauto eno1np0 # 需要设定的网络端口address x.x.x.x # 固定IP地址netmask x.x.x.x # 掩码gateway x.x.x.x # 网关dns-name 2022-01-04 swxxx #生物信息学 #软件使用 #Linux
OrthoFinder报错 ChatGPT是这样回答的: 这个错误通常是由于 Python 版本的更新导致的,Python 3.x 不再支持 ‘rU’ 模式。您可以尝试将代码中的 ‘rU’ 替换为 ‘r’,这应该可以解决问题。 如果您使用的是 OrthoFinder 的旧版本,可能需要升级到最新版本以解决此问题。您可以访问 OrthoFinder 的官方网站(https://github.com/davidemms/Or 2023-04-05 生物信息学 #软件相关
NCBI-CDD本地搭建 起因需要大量使用CDD-Search检索结构域,但是网页版有限制,单次序列不能超过1000条(我单次就近条啊),索性直接在服务器上搭建CDD本地版。 数据下载1ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i ~/mambaforge/envs/tools4bioinf/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/pub/m 2023-03-15 生物信息学 #生物信息学
受胁迫植物的表观遗传记忆 文献信息 Gallusci P, Agius D R, Moschou P N, et al. Deep inside the epigenetic memories of stressed plants[J]. Trends in Plant Science, 2022.00266-7?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretr 2023-01-23 文献阅读 #文献阅读
featurecounts使用 下载 1wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-2.0.2/subread-2.0.2-Linux-x86_64.tar.gz 将bin目录加入到环境变量即可。 使用案列 1234567/srv/software/subread/bin/featureCounts -p -t exon -g transcr 2022-01-01 生物信息学 #生物信息学 #featurecounts