小蓝哥的知识荒原
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python传参示例

12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243import osimport reimport argparseparser = argparse.ArgumentParser(description="You should add those parameters")parser.add_
2022-03-24
生物信息学
#生物信息学

PCA和PERMANOVA分析

PCA这种图,图片上看起来不同的组别之间是有差异的,比如说这个:
2020-01-07
R语言
#R语言

shiny上传文件报错

搭建shiny上传文件报错<html> <head><title>413 Request。奇怪的是大于1M的无法上传,小于1M的可以上传。一番检索发现是Nginx的问题。 shiny如果是用Nginx做的http代理和端口转发,那么Nginx默认可以上传文件大小是1M,需要修改Nginx的配置,在配置文件的http模块里面加入下面的代码: 12# set cli
2022-03-03
生物信息学
#生物信息学 #R

HRP鉴定NB-LRR基因所有代码

123456789101112131415161718bash /usr/bin/interproscan.sh -f TSV -app Pfam -i data/proteins.fa -b results/1-interproscangrep NB-ARC results/1-interproscan.tsv | cut -f1,7,8 > results/2-interproscan.
2022-04-08
生物信息学
#生物信息学

Ubuntu服务器配置静态IP

实验室的服务器需要配置静态IP,折腾了一天都没有搞定。今早上在去实验室的路上突然想到,“我没有重启网络管理器啊😂” 配置IP 123456789auto loiface lo inet loopbackauto eno1np0 # 需要设定的网络端口address x.x.x.x # 固定IP地址netmask x.x.x.x # 掩码gateway x.x.x.x # 网关dns-name
2022-01-04
swxxx
#生物信息学 #软件使用 #Linux

OrthoFinder报错

ChatGPT是这样回答的: 这个错误通常是由于 Python 版本的更新导致的,Python 3.x 不再支持 ‘rU’ 模式。您可以尝试将代码中的 ‘rU’ 替换为 ‘r’,这应该可以解决问题。 如果您使用的是 OrthoFinder 的旧版本,可能需要升级到最新版本以解决此问题。您可以访问 OrthoFinder 的官方网站(https://github.com/davidemms/Or
2023-04-05
生物信息学
#软件相关

NCBI-CDD本地搭建

起因需要大量使用CDD-Search检索结构域,但是网页版有限制,单次序列不能超过1000条(我单次就近条啊),索性直接在服务器上搭建CDD本地版。 数据下载1ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i ~/mambaforge/envs/tools4bioinf/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/pub/m
2023-03-15
生物信息学
#生物信息学

受胁迫植物的表观遗传记忆

文献信息 Gallusci P, Agius D R, Moschou P N, et al. Deep inside the epigenetic memories of stressed plants[J]. Trends in Plant Science, 2022.00266-7?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretr
2023-01-23
文献阅读
#文献阅读

MiKTeX安装报错解决办法

最近打算用bookdown记实验记录,实在是受不了Word了。
2021-03-05
R语言
#R语言

文献检索、追踪、阅读等小总结

去年写了个小总结,包含了文献检索等(简书地址:https://www.jianshu.com/p/3e17e9b7fac8)。
2020-12-14
杂文
#文献

featurecounts使用

下载 1wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-2.0.2/subread-2.0.2-Linux-x86_64.tar.gz 将bin目录加入到环境变量即可。 使用案列 1234567/srv/software/subread/bin/featureCounts -p -t exon -g transcr
2022-01-01
生物信息学
#生物信息学 #featurecounts

土壤化学遗产激发后茬植物品种特异性及背景依赖性的根系响应

摘要土壤遗产在优先效应的形成过程中有着重要的作用。然而我们还不知道
2021-01-22
文献
#文献
1…24252627

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