参考文献 Shang L, Li X, He H, et al. A super pan-genomic landscape of rice[J]. Cell Research, 2022: 1-19. 这篇文献中要鉴定的是pan-NLRome，使用的方法是： InterProscan软件注释，筛选阈值是E-value < 1e−4； NLR-Parser鉴定结构域； 上面两个结果交叉验

使用bedtools提取结构域序列报错： ERROR: mismatched line lengths at line 57775 within sequence Actinidia07630t11288xxPlantKGA_3 解决方法： 使用博德研究所的picard(地址：https://github.com/broadinstitute/picard/releases/tag/2.27

查询历史命令，找到相关的命令并查看最近的： 1alias hg='_hg(){history | grep $1 | tail};_hg'

部署到服务器服务器端服务器端主要是构建目录接受和存放博客内容。 eval1234567mkdir myblogcd mybloggit init --bare myblog.gitvi myblog.git/hooks/post-receive## 输入下面一行内容，目录换成自己的git --work-tree=/home/hexo/blog --git-dir=/home/hexo/hexo.g

最近在分析水稻的转录组数据，用的参考基因组是我们小组自己组装的，没有用常见的那几个参考基因组做比对，这就导致一个问题，

1conda install -c hcc aspera-cli 密钥位置： 1~/miniconda3/envs/metagenome/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 下载NCBI nr库的原始数据： 1sudo /usr/bin/ascp -v -k 1 -T -l 400m -i ~/miniconda3/envs/metagenome/etc/asperaweb_

后面要处理大量数据，明显感觉到data.frame这种格式满足不了大数据要求了，索性把data.table学一下。

12345678910111213141516# 创建环境conda create -n bioperlconda activate bioperlconda install -c bioconda perl-bioperl# 查找Bioperl位置find anaconda3/* -name "Seq.pm"# 输出/home/lixiang/miniconda3/envs/bioperl/li

1dplyr::mutate(geneid = stringr::str_split(id, "-") %>% sapply("[", 3)) 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com

12345678ggdraw(p1 + theme_half_open(12)) + draw_plot(inset, .45, .45, .5, .5) + draw_plot_label( c("A", "B"), c(0, 0.45), c(1, 0.95), size = 12 ) 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang11

从GitHub克隆项目 1git clone https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper.git 下载数据库放在data文件夹下并解压 开始使用 需要安装diamond，版本越新越好 python：需要使用python3 i：输入文件 out：输出文件 m：使用diamond比对 1python emapper.py -i pep.fa --ou

12345678910111213141516171819202122232425import osfiles = os.listdir("G:\\33Pan_download\\下载数据\\unzip\\")all_genome = open("G:\\33Pan_download\\下载数据\\all_genome.fa","w")for i in files: print(i)