泛基因组工具PGGB文档学习
文献笔记泛基因组包含了所有的序列、基因组间的同源性和所有的变异类型。泛基因组可以用于变异检测、保守性估计、重组事件评估和推断系统发育关系。现有的方法使用reference的策略和tree-guide的方法构建泛基因组，这些方法得到的遗传变异信息会不完整，也不稳定。现有的方法基本上就是把与参考基因组足够相似的序列添加到参考基因组上，这些方法后对结构上高度可变的区域进行修剪处理，例如着丝粒和其他是卫星
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水稻Pan-genome
5月28日凌晨，Cell在线发表了四川农业大学和遗传发育所合作的文章Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals hidden genomic variations。
本地构建UniProt数据库进行blast比对
数据库下载下载地址： https://www.uniprot.org/help/downloads 镜像下载地址： https://ftp.expasy.org/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/ 下载速度可以说是非常慢了。买个阿里云的海外服务器中转一下。
化感和化感物质在植物防御中的作用
摘要化感（Allelopathy）指的是植物间或植物与其他生物之间通过植物产生的具有生物活性的次级代谢产物（化感物质，allelochemicals）介导的化学互作导致的生长干扰现象。
QIIME2学习笔记
安装直接用Docker安装。 官方教程：https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/ 数据QIIME2中的数据： 测序数据：.qza格式。因此需要先将测序下机的.fasta格式的文件转换成.qza格式的文件。同样，.qza格式文件也可以导出成其他格式。 样品信息（metadata） 可视化数据：.qzv格式。这个文件是分析过程中产生的临时文件。这中
Augustus注释基因组
AUGUSTUS版本：3.4.0 官方参考手册 下载Lentinula edodesGenBank格式注释文件: 12we https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/021/015/755/GCF_021015755.1_Lenedo1/GCF_021015755.1_Lenedo1_genomic.gbff.gz -O ref.gbff.gz
MAGpurify2配置
安装123mamba create -n magpurify2 mamba activate magpurify2 pip install magpurify2 数据库下载数据库存放在谷歌云盘上，有15G，我选择临时租个阿里云新加坡的服务器下载了再传回来。 12345fileId="1ooWiR3LplBy5GsY5wZ7o6dwswiCWVvmi"fileName="