小蓝哥的知识荒原
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Ubuntu服务器Rstudio-server报错

突然无法登录Rstudio Server,后台报错: 1ERROR The previous R session terminated abnormally; LOGGED FROM: rstudio::core: 实在是找不到报错的原因,kill掉Rsession也不行,重启服务器也不行。 解决方案如下: 删除用户目录下的这个文件夹即可.local/share/**rstudio**。
2022-11-17
生物信息学
#生物信息学

ggsave保存tiff文件报错

12Warning message:In grDevices::dev.off() : agg could not write to the given file 是ggplot2版本的问题,3.3.4正常,3.3.5就会报错。安装旧版本解决问题。 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
2022-04-04
生物信息学
#生物信息学 #R

shell终端美化配置

安装官方版本 1234567891011wget https://raw.githubusercontent.com/ohmyzsh/ohmyzsh/master/tools/install.sh sh install.shsudo apt install powerline fonts-powerline #安装字体sudo apt install zsh-syntax-highlighti
2022-01-02
生物信息学
#生物信息学 #shell

Rstudio-server绘图报错

Rstudio-Server绘图报错: 1234Error in RStudioGD() : Shadow graphics device error: r error 4 (Error : C stack usage 7969364 is too close to the limit)此外: There were 50 or more warnings (use warnings() to
2023-05-30
生物信息学
#生物信息学

泛基因组工具PGGB文档学习

文献笔记泛基因组包含了所有的序列、基因组间的同源性和所有的变异类型。泛基因组可以用于变异检测、保守性估计、重组事件评估和推断系统发育关系。现有的方法使用reference的策略和tree-guide的方法构建泛基因组,这些方法得到的遗传变异信息会不完整,也不稳定。现有的方法基本上就是把与参考基因组足够相似的序列添加到参考基因组上,这些方法后对结构上高度可变的区域进行修剪处理,例如着丝粒和其他是卫星
2025-02-25
生物信息学
#生物信息学

自动备份conda环境信息和配置文件

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2025-07-01
生物信息学
#生物信息学

水稻Pan-genome

5月28日凌晨,Cell在线发表了四川农业大学和遗传发育所合作的文章Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals hidden genomic variations。
2021-06-01
文献
#文献

分组柱状图加散点

chu处理数据的时候遇到一个问题:分面分组柱状图怎么加上对应的数据散点? 群里问了一遍没人回答,自己解决了!
2020-12-21
R语言
#R语言

本地构建UniProt数据库进行blast比对

数据库下载下载地址: https://www.uniprot.org/help/downloads 镜像下载地址: https://ftp.expasy.org/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/ 下载速度可以说是非常慢了。买个阿里云的海外服务器中转一下。
2023-07-28
生物信息学
#生物信息学

化感和化感物质在植物防御中的作用

摘要化感(Allelopathy)指的是植物间或植物与其他生物之间通过植物产生的具有生物活性的次级代谢产物(化感物质,allelochemicals)介导的化学互作导致的生长干扰现象。
2021-01-19
文献
#文献

QIIME2学习笔记

安装直接用Docker安装。 官方教程:https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/ 数据QIIME2中的数据: 测序数据:.qza格式。因此需要先将测序下机的.fasta格式的文件转换成.qza格式的文件。同样,.qza格式文件也可以导出成其他格式。 样品信息(metadata) 可视化数据:.qzv格式。这个文件是分析过程中产生的临时文件。这中
2022-01-05
生物信息学
#生物信息学 #QIIME2 #微生物组学

Augustus注释基因组

AUGUSTUS版本:3.4.0 官方参考手册 下载Lentinula edodesGenBank格式注释文件: 12we https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/021/015/755/GCF_021015755.1_Lenedo1/GCF_021015755.1_Lenedo1_genomic.gbff.gz -O ref.gbff.gz
2022-08-30
生物信息学
#生物信息学
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