gff文件缺少gene特征
1awk -F"[\t=]" 'BEGIN{OFS="\t"}{if($3=="mRNA"){print $1,$2,"gene",$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10 ; print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10"Parent="$10;}else{print $0}}' all.gff3 > all.gff3.new 复制粘贴使用： 1aw
featurecounts使用
下载 1wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-2.0.2/subread-2.0.2-Linux-x86_64.tar.gz 将bin目录加入到环境变量即可。 使用案列 1234567/srv/software/subread/bin/featureCounts -p -t exon -g transcr
ggtree学习笔记
写在前面Y叔的ggtree $^{[1]}$ 毫无疑问是当前绘制美化系统发育树（下文简称进化树）的最佳工具，一直想学习，但是都没有真真正正学习过，一是因为网上关于gtree的中文资源较少，另外一个原因是感觉到自己用不上，就没认真学习。春节在家，实在无聊，下定决心学一遍ggtree。下面的内容来自Y叔的博客$^{[2]}$ ，若有不当之处，恳请批评指正。 关于进化树进化树怎么看进化树展示的是进化关系
ggsave保存tiff文件报错
12Warning message:In grDevices::dev.off() : agg could not write to the given file 是ggplot2版本的问题，3.3.4正常，3.3.5就会报错。安装旧版本解决问题。 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com