12library(KEGGREST) kegg <- keggGet("ko01120") 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com

网页版地址： https://shiny.web4xiang.top/LeAFtool/ 分析流程数据准备将图片存储在三个文件夹内，压缩成.zip后上传就能进行分析： learning：存放用于训练的图片（直接截图即可），包括三个子文件夹： background：背景图片。如叶片是贴在A4纸上的，那么背景就截图A4纸。 limb：没有被病原菌侵染的健康叶片。 lesion：病斑截图。 res

软件安装等 安装GLmakie报错 1]add StatsFuns@0.9.3 数据导入导出点击下载JupyterLab笔记 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com

统计某个特定字符串出现的次数： 1grep -c '>' filename 查看某个特定字符出现的行数： 1grep -n '>' filename 根据gff文件提取基因序列： 12awk '{if ($3=="gene") print}' ylg.gff3 > ylg.gene.gff3bedtools getfasta -fi your_fasta.file -bed

系统相关 强制重启报错，重启后无法进入系统。解决方法：重启后按上下键，选择第三个内核进入系统。 软件安装用户相关Docker相关 暂停并移除所有的容器和镜像 123456docker ps -aqdocker stop $(docker ps -aq)docker rm $(docker ps -aq)docker rmi $(docker ps -aq)docker rmi $(docker

安装123mamba create -n magpurify2 mamba activate magpurify2 pip install magpurify2 数据库下载数据库存放在谷歌云盘上，有15G，我选择临时租个阿里云新加坡的服务器下载了再传回来。 12345fileId="1ooWiR3LplBy5GsY5wZ7o6dwswiCWVvmi"fileName="

最近打算用bookdown记实验记录，实在是受不了Word了。

输入一个巨大的基因组都没有得到结果，最后发现gff文件需要整理成这样的才行： 123456789101_352 Zm00001eb015320_T001 52489256 524909011_352 Zm00001eb015320_T002 52489256 524909011_352 Zm00001eb015320_T003 524894

参考文献 Blanco-Míguez, A., Beghini, F., Cumbo, F. et al. Extending and improving metagenomic taxonomic profiling with uncharacterized species using MetaPhlAn 4. Nat Biotechnol (2023). 官方网站MetaPhlAn 4.0

NBS-LRR的结构和生物学功能从结构上判断一个基因是不是NBS-LRR基因的方法是看其是否具有NBS结构域和LRR结构域。NBS结构域通常在蛋白的中间区域，长度大概是300个氨基酸；LRR结构域通常是在蛋白的C端，长度大概是20-30个氨基酸。 NBS-LRR也被称为NB-ARC，或者直接叫做NLR，但是在相关研究中使用最广泛的名称还是NBS-LRR。 NBS-LRR是植物抗性蛋白中最重要的结构

起因需要大量使用CDD-Search检索结构域，但是网页版有限制，单次序列不能超过1000条（我单次就近条啊），索性直接在服务器上搭建CDD本地版。 数据下载1ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i ~/mambaforge/envs/tools4bioinf/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/pub/m

数据库下载https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ ascp（conda安装即可）高速下载链接： 1ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i /home/xxxxx/miniconda3/envs/bioinfTools/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/blast/db/nt.0