bedtools报错序列长度不一样的解决方法
使用bedtools提取结构域序列报错： ERROR: mismatched line lengths at line 57775 within sequence Actinidia07630t11288xxPlantKGA_3 解决方法： 使用博德研究所的picard(地址：https://github.com/broadinstitute/picard/releases/tag/2.27
泛基因组时代中的序列到图映射算法综述
1 背景与意义传统线性参考基因组存在参考偏倚问题，导致非参考等位基因被遗漏或错误映射。泛基因组（Pangenome）通过整合多个个体基因组构建图结构，提供更全面的遗传多样性参考。序列到图映射（Sequence-to-Graph Mapping, S2G） 是泛基因组分析的核心技术，支撑变异检测、基因分型、长读长纠错等应用。近年来已有20余种S2G算法开发，但此前尚无系统性综述。 2 泛基因组图的表
从NCBI批量获取物种的分类信息
软件下载从NCBI官方网站下载datasets和dataformat，chmod修改为可执行文件即可。 输入文件直接用拉丁名即可。但是不能是Hordeum vulgare L.这种格式，不然会报错： 12345678910111213The taxonomy name 'Hordeum vulgare L.' is not exact. Try using one of the suggested
PCA在R语言中的实现
PCA 简介PCA（Principal Component Analysis），即主成分分析。PCA是一种研究数据相似性或差异性的可视化方法，采取降维的思想，PCA 可以找到距离矩阵中最主要的坐标，把复杂的数据用一系列的特征值和特征向量进行排序后，选择主要的前几位特征值，来表示样品之间的关系。通过 PCA 可以观察个体或群体间的差异。PC 后面的百分数表示对应特征向量对数据的解释量，此值越大越好。
光果龙葵基因组助力马铃薯晚疫病抗性基因的挖掘
参考文献 Lin X, Jia Y, Heal R, et al. Solanum americanum genome-assisted discovery of immune receptors that detect potato late blight pathogen effectors[J]. Nature Genetics, 2023: 1-10. 研究背景马铃薯晚疫病是由Phyto
GTDB-Tk数据库配置
安装安装使用mamba即可。 下载下载地址：https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release214/214.1/auxillary_files/ 下载最大的这个文件： 下载完成后解压即可。 配置初次运行显示： 将数据库软连接过去即可： 1ln -s ~/database/gtdb.v207/* ~/mambaforge/envs/metagen
Julia学习笔记
软件安装等 安装GLmakie报错 1]add StatsFuns@0.9.3 数据导入导出点击下载JupyterLab笔记 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
Nature文章的NLR分析方法
《Nature》论文NLR基因分析方法深度解析核心目标本研究的核心生物信息学目标是，在52个马铃薯基因组（代表Solanum section Petota）中，进行全面且高度精确的NLR基因重新注释，构建一个综合性的“NLRome”，并基于此进行深入的比较基因组学和进化分析，最终指导功能基因的克隆和抗性工程。 分析模块一：NLR基因的重新注释 (Reannotation of Nucleotid
绘制圆堆积图
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一行linux命令实现批量sra转fastq
123ls data/sra/ | while read id; do parallel-fastq-dump -s ./data/sra/$id --o ./data/fastq --split-files -t 30; donenohup ls data/sra | while read id; do hisat2 -p 30 -x index/genome.index -1 data/fas