Linux Tips
统计某个特定字符串出现的次数： 1grep -c '>' filename 查看某个特定字符出现的行数： 1grep -n '>' filename 根据gff文件提取基因序列： 12awk '{if ($3=="gene") print}' ylg.gff3 > ylg.gene.gff3bedtools getfasta -fi your_fasta.file -bed
MAGpurify2配置
安装123mamba create -n magpurify2 mamba activate magpurify2 pip install magpurify2 数据库下载数据库存放在谷歌云盘上，有15G，我选择临时租个阿里云新加坡的服务器下载了再传回来。 12345fileId="1ooWiR3LplBy5GsY5wZ7o6dwswiCWVvmi"fileName="
MCScanX遇到的一个坑
输入一个巨大的基因组都没有得到结果，最后发现gff文件需要整理成这样的才行： 123456789101_352 Zm00001eb015320_T001 52489256 524909011_352 Zm00001eb015320_T002 52489256 524909011_352 Zm00001eb015320_T003 524894
Linux运维笔记
系统相关 强制重启报错，重启后无法进入系统。解决方法：重启后按上下键，选择第三个内核进入系统。 软件安装用户相关Docker相关 暂停并移除所有的容器和镜像 123456docker ps -aqdocker stop $(docker ps -aq)docker rm $(docker ps -aq)docker rmi $(docker ps -aq)docker rmi $(docker
MetaPhlAn4宏基因组数据分析流程学习笔记
参考文献 Blanco-Míguez, A., Beghini, F., Cumbo, F. et al. Extending and improving metagenomic taxonomic profiling with uncharacterized species using MetaPhlAn 4. Nat Biotechnol (2023). 官方网站MetaPhlAn 4.0
NBS-LRR基因知识
NBS-LRR的结构和生物学功能从结构上判断一个基因是不是NBS-LRR基因的方法是看其是否具有NBS结构域和LRR结构域。NBS结构域通常在蛋白的中间区域，长度大概是300个氨基酸；LRR结构域通常是在蛋白的C端，长度大概是20-30个氨基酸。 NBS-LRR也被称为NB-ARC，或者直接叫做NLR，但是在相关研究中使用最广泛的名称还是NBS-LRR。 NBS-LRR是植物抗性蛋白中最重要的结构
NCBI-CDD本地搭建
起因需要大量使用CDD-Search检索结构域，但是网页版有限制，单次序列不能超过1000条（我单次就近条啊），索性直接在服务器上搭建CDD本地版。 数据下载1ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i ~/mambaforge/envs/tools4bioinf/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/pub/m
NCBI-NT库本地化构建流程
数据库下载https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ ascp（conda安装即可）高速下载链接： 1ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i /home/xxxxx/miniconda3/envs/bioinfTools/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/blast/db/nt.0
NCBI-blast-本地比对
安装 Blast +将下载的安装包解压缩后安装对应的.exe文件即可，安装完成后将安装目录下的bin文件夹的路径添加到环境变量中的Path中。 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ 构建比对数据库可以利用自带的函数下载数据库： 1nohup perl update_blastdb.pl --decompress nt &> update.log &