Nature杂志统计知识合集
偶然发现的一个合集：Statistics for Biologists. 统计学不会告诉我们是对还是错，只会告诉我们犯错的可能性！ Statistics does not tell us whether we are right. It tells us the chances of being wrong. 不确定性的重要性 误差棒(Error bar)点击查看文献原文 误差棒有三种类型
NCBI爬取单子叶双子叶信息
12345678910111213141516171819202122import osimport requestsfrom bs4 import BeautifulSoupimport refile_write = open("/home/lixiang/temp_file/latin.name.group.txt","w")cot_list = ["eudicots", "monocots"
Nature文章-PTI影响ETI
CNS顶刊的文章，光看就很费劲，顶刊就是顶刊。 这是特殊的一段时间，答辩+拍照+聚餐+其他=毕业。在这个特殊的时间段，总是不能收心好好学习，一篇Nature的文章看几天都看不完。研究生三年，断断续续看了一些文献，都不成章法，就用这篇文章来总结一下自己看文献的思路和流程吧。 阅读顺序我现在阅读文献的顺序基本是固定的，拿到文章先看标题，然后是摘要，要是看完摘要觉得有用的话再扫一眼图表，要是觉得都很OK
Nginx端口转发实现80端口访问shiny-server
在{% label /etc/nginx/sites-enabled/ purple %}下的{% label default purple %}文件种添加如下内容： 1234567891011server { server_name www.test.com # 你的shiny的域名 listen 80; location / { proxy_pass htt
NMDS分析
NMDS（nonmetric multidimensional scaling，非度量多维尺度分析）是排序（ordination）分析一种。排序分析的目的在于寻找数据的连续性（也就是通过连续的排序轴来展示数据的主要趋势）。
Notung推断基因的丢失和复制事件
Java安装从https://www.java.com/en/download/下载安装Java，一路默认即可，免得环境变量里面没有。 下载Nutong从http://goby.compbio.cs.cmu.edu/Notung/download29.html下载Nutong。解压后找个位置存放。 准备数据需要两个数据： 基因系统发育树：前缀需要有物种名称或者是代码。 物种系统发育树。
OPLS-DA在R语言中的实现
主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）是一种无监督降维方法，能够有效对高维数据进行处理。但PCA对相关性较小的变量不敏感，而PLS-DA（Partial Least Squares-Discriminant Analysis，偏最小二乘判别分析）能够有效解决这个问题。而OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析）结合了正交信号和PLS-DA来筛选差异变量。
Pan-基因家族鉴定方法
参考文献 Shang L, Li X, He H, et al. A super pan-genomic landscape of rice[J]. Cell Research, 2022: 1-19. 这篇文献中要鉴定的是pan-NLRome，使用的方法是： InterProscan软件注释，筛选阈值是E-value < 1e−4； NLR-Parser鉴定结构域； 上面两个结果交叉验