KEGGREST用法
12library(KEGGREST) kegg <- keggGet("ko01120") 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
HRP鉴定NB-LRR基因所有代码
123456789101112131415161718bash /usr/bin/interproscan.sh -f TSV -app Pfam -i data/proteins.fa -b results/1-interproscangrep NB-ARC results/1-interproscan.tsv | cut -f1,7,8 > results/2-interproscan.
Julia学习笔记
软件安装等 安装GLmakie报错 1]add StatsFuns@0.9.3 数据导入导出点击下载JupyterLab笔记 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
NCBI-CDD本地搭建
起因需要大量使用CDD-Search检索结构域，但是网页版有限制，单次序列不能超过1000条（我单次就近条啊），索性直接在服务器上搭建CDD本地版。 数据下载1ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i ~/mambaforge/envs/tools4bioinf/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/pub/m
MetaPhlAn4宏基因组数据分析流程学习笔记
参考文献 Blanco-Míguez, A., Beghini, F., Cumbo, F. et al. Extending and improving metagenomic taxonomic profiling with uncharacterized species using MetaPhlAn 4. Nat Biotechnol (2023). 官方网站MetaPhlAn 4.0
NBS-LRR基因知识
NBS-LRR的结构和生物学功能从结构上判断一个基因是不是NBS-LRR基因的方法是看其是否具有NBS结构域和LRR结构域。NBS结构域通常在蛋白的中间区域，长度大概是300个氨基酸；LRR结构域通常是在蛋白的C端，长度大概是20-30个氨基酸。 NBS-LRR也被称为NB-ARC，或者直接叫做NLR，但是在相关研究中使用最广泛的名称还是NBS-LRR。 NBS-LRR是植物抗性蛋白中最重要的结构
NCBI-NT库本地化构建流程
数据库下载https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ ascp（conda安装即可）高速下载链接： 1ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i /home/xxxxx/miniconda3/envs/bioinfTools/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/blast/db/nt.0
Linux Tips
统计某个特定字符串出现的次数： 1grep -c '>' filename 查看某个特定字符出现的行数： 1grep -n '>' filename 根据gff文件提取基因序列： 12awk '{if ($3=="gene") print}' ylg.gff3 > ylg.gene.gff3bedtools getfasta -fi your_fasta.file -bed
NCBI-blast-本地比对
安装 Blast +将下载的安装包解压缩后安装对应的.exe文件即可，安装完成后将安装目录下的bin文件夹的路径添加到环境变量中的Path中。 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ 构建比对数据库可以利用自带的函数下载数据库： 1nohup perl update_blastdb.pl --decompress nt &> update.log &