Ubuntu修改虚拟内存大小 123456mkdir /swapcd /swapsudo dd if=/dev/zero of=swapfile bs=1024M count=10mkswap swapfileswapon swapfileswapoff swapfile 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com 2022-03-19 生物信息学 #生物信息学
R语言机器学习框架mlr3学习笔记 mlr3verse基础mlr3verse其实是个框架,整合了各种机器学习算法。其底层的使用R6语法和data.table数据流;支持并行,可以搭建”图”流学习器。 几点技术说明: 使用帮助:?+对象名字,或者对象$help,如learner$help(). 某些对象不是数据框,as.data.table()转化成数据框再进行查看。 超参数调参需要找到原始函数对应的包的函数帮助。 任务类型 连续 2023-02-10 生物信息学 #生物信息学
Ubuntu安装Docker 在 Ubuntu 中安装 Docker 的步骤如下: 更新和升级现有软件包以确保您拥有更新的软件源列表。 12sudo apt-get updatesudo apt-get upgrade 安装 Docker 所需的软件包,可以使用以下命令完成: 1sudo apt-get install apt-transport-https ca-certificates curl gnupg-age 2023-04-09 生物信息学 #软件安装
Claude给的基因组组装和注释的流程代码 数据准备和质控1. 数据质量评估1234567891011# 短读长数据质控 (Illumina)fastqc short_reads_R1.fastq.gz short_reads_R2.fastq.gz -o qc_reports/# 长读长数据质控 (Nanopore)NanoPlot --fastq nanopore_reads.fastq.gz --outdir nanopore_qc/ 2025-05-27 生物信息学 #生物信息学
PGGB学习笔记 0.1 文献笔记泛基因组包含了所有的序列、基因组间的同源性和所有的变异类型。泛基因组可以用于变异检测、保守性估计、重组事件评估和推断系统发育关系。现有的方法使用reference的策略和tree-guide的方法构建泛基因组,这些方法得到的遗传变异信息会不完整,也不稳定。现有的方法基本上就是把与参考基因组足够相似的序列添加到参考基因组上,这些方法后对结构上高度可变的区域进行修剪处理,例如着丝粒和其 2025-05-09 生物信息学 #生物信息学
WSL部署JBrowse 更新软件列表12sudo apt updatesudo apt upgrade 安装 Node.js 和 npm123456789101112# 安装 nvm (Node Version Manager),这是管理Node.js版本的最佳方式curl -o- https://raw.githubusercontent.com/nvm-sh/nvm/v0.39.7/install.sh | bash 2025-10-28 生物信息学 #生物信息学
GAPIT3笔记 安装 服务器编译失败,转用腾讯云安装,然后将对应的R包拷贝到服务器上。 示例 12345678910111213library(GAPIT3)myY <- read.table("~/temp_file/GAPIT3-master/inst/extdata/mdp_traits.txt", head = TRUE)myGD=read.table(file="~/temp_file/G 2022-04-21 生物信息学 #生物信息学
关于拷贝数变异CNVs 🧬 CNV分析全攻略:从传统方法到泛基因组时代 📖 拷贝数变异(Copy Number Variants, CNVs)是基因组学中的重要研究内容。本文将从基础概念开始,详细介绍各种CNV检测方法,特别是最新的泛基因组分析策略。 📋 目录 🔍 什么是CNV? 🛠️ 传统CNV检测方法 💻 基于测序数据的计算方法 🌟 泛基因组时代的CNV分析 📊 实用工具推荐 🎯 实战建议 � 2025-07-01 生物信息学 #生物信息学
生物信息学数据库 BUSCO:基因组组装质量评估软件。 使用教程:简书链接 Addgene:非营利性的质粒库 Primer3Plus:引物设计 DBD:转录因子预测数据库 Plant Transcription Factor Database:植物转录因子数据库 RiceNetDB:水稻基因互作数据库(浙大) RPAN: Rice Pan-genome Browser:水稻泛基因组数据库(上海交大) NC 2021-11-25 生物信息学 #生物信息学 #分子生物学 #数据库