为何要计算 BLUE 值？一年多点或者多年多点的植物数据中，一个基因型（品种）往往有多个表型数据，但只有一个基因型，在 GWAS 关联分析中，就需要一个基因型对应一个表型数据。 之所以有多个表型数据的原因： 或者是多个重复 或者是多个地点的数据 或者是多个年份的数据 问题：如何计算得到一个表型数据呢？ 解答：可以使用多个表型值的平均值，作为品种的表型值，现在有更好的方法：BLUE 值。 为何使

毫无疑问，Positron是非常好用的，可是一些快捷键无法设置，那就直接编辑快捷键吧。 找到Positron的安装路径下的这个文件keybindings.json，我的路径是： 1C:\Users\xxx\AppData\Roaming\Positron\User\keybindings.json 我编辑的是我自己常用的三个快捷键： 123456789101112131415{ "k

1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344import requestsfrom bs4 import BeautifulSoupfile_path = "D:/OneDrive/NAS/科研相关/PhData/data/生信挖掘/水稻多效基因/data/NCBI.BioProjec

123456callDAMs(metabolites.table = metabolites.table, phenotype.table = phenotype.table, group.table = group.table, use.lm = TRUE, use.cor = TRUE, lm.R2 = 0.5)

12345678910111213141516171819202122232425262728import requestsfrom bs4 import BeautifulSoupfile_out = open("D:/群晖NAS/Desktop/MEME网站结果/JASPAR.爬虫结果.txt", "w")with open("D:/群晖NAS/Desktop/MEME网站结果/JASPAR.

加载igraph时报错： 123错误: package or namespace load failed for ‘phyloseq’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): 无法载入共享目标对象‘/usr/local/lib/R/site-library/igraph/libs/igraph.so’：: libglpk.so.40: 无法打开共享对

线性回归模型的局限性正态性判断不依赖于直方图，而是构建一个模型，看模型的残差。

文献 Rognes T, Flouri T, Nichols B, et al. VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics[J]. PeerJ, 2016, 4: e2584. 安装直接使用mamba安装： 1mamba install bioconda::vsearch 流程常规的扩增子流程： 序列双端合并；去除两端接头，F

一开始折腾的是GAPIT，可是老是报错，实在是没办法了，就折腾TASSEL. 参考文献 Bradbury P J, Zhang Z, Kroon D E, et al. TASSEL: software for association mapping of complex traits in diverse samples[J]. Bioinformatics, 2007, 23(19): 263

数据长这样： 123456chr01;25000.0;1.8163221360895787chr01;75000.0;2.1779931093884595chr01;125000.0;7.688242894056851chr01;175000.0;6.450387596899228chr01;225000.0;7.576356589147288chr01;275000.0;4.8746339362

我安装的是zsh，安装Mambaforge的时候始终无法使用，运行mamba init显示下面的内容： 123456789101112131415161718no change /home/lixiang/mambaforge/condabin/condano change /home/lixiang/mambaforge/bin/condano change /home/

准备在NAS上折腾的，各种端口开放不方便，直接就用腾讯云服务器折腾吧。。。。。。 安装并运行数据库安装： 1docker pull mysql:8.0.31 运行： 官方模板 123456789101112docker run \-d \--name mysql \#【可选修改】数据库 root 用户的密码 -e MYSQL_ROOT_PASSWORD=jasmine888 \-p 3306: