html学习笔记
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NCBI-NT库本地化构建流程
数据库下载https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ ascp（conda安装即可）高速下载链接： 1ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i /home/xxxxx/miniconda3/envs/bioinfTools/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/blast/db/nt.0
conda安装Aspera
1conda install -c hcc aspera-cli 密钥位置： 1~/miniconda3/envs/metagenome/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 下载NCBI nr库的原始数据： 1sudo /usr/bin/ascp -v -k 1 -T -l 400m -i ~/miniconda3/envs/metagenome/etc/asperaweb_
Nature文章-PTI影响ETI
CNS顶刊的文章，光看就很费劲，顶刊就是顶刊。 这是特殊的一段时间，答辩+拍照+聚餐+其他=毕业。在这个特殊的时间段，总是不能收心好好学习，一篇Nature的文章看几天都看不完。研究生三年，断断续续看了一些文献，都不成章法，就用这篇文章来总结一下自己看文献的思路和流程吧。 阅读顺序我现在阅读文献的顺序基本是固定的，拿到文章先看标题，然后是摘要，要是看完摘要觉得有用的话再扫一眼图表，要是觉得都很OK
如何批量从NCBI下载基因组数据
想下载几千个细菌的基因组做泛基因组分析，结果啊总是网络错误下载失败。于是我就搜了搜，发现这个： Genomes Download (FTP) FAQ 发现这个链接的命名非常有规律可循。 那就R语言伺候： 1234567891011121314df.bins.pan.info %>% dplyr::select(`Assembly Accession`, `Assembly Name`
Conda安装最新版R
1234conda config --add channels conda-forgeconda config --set channel_priority strictconda search r-baseconda install -c conda-forge r-base=4.1.2 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
微生物组VSEARCH学习笔记
文献 Rognes T, Flouri T, Nichols B, et al. VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics[J]. PeerJ, 2016, 4: e2584. 安装直接使用mamba安装： 1mamba install bioconda::vsearch 流程常规的扩增子流程： 序列双端合并；去除两端接头，F
自动下载校验fastq文件
首先，直接在ENA上检索想要下载的数据，如： 有两个信息很重要，MD5值和Aspera链接。 选择TSV下载格式将信息下载下来，然后使用R进行处理，获得最终要的数据格式。R代码如下： 1234567891011121314151617181920212223rm(list = ls())dir("data/生信挖掘/水稻多效基因/data/ENA下载信息/") %>% as.data.
Blossom配置
准备在NAS上折腾的，各种端口开放不方便，直接就用腾讯云服务器折腾吧。。。。。。 安装并运行数据库安装： 1docker pull mysql:8.0.31 运行： 官方模板 123456789101112docker run \-d \--name mysql \#【可选修改】数据库 root 用户的密码 -e MYSQL_ROOT_PASSWORD=jasmine888 \-p 3306: