5月28日凌晨，Cell在线发表了四川农业大学和遗传发育所合作的文章Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals hidden genomic variations。

iTAK是植物转录因子、转录调节子及转录激酶预测的工具，使用简单。

序列转换成fasta文件及后续的SwissProt数据库爬虫代码。

最近在分析转录组，基因组是自己组装的，好多基因注释不到KEGG和GO这两个数据库，就索性先把基因蛋白blast到SwissProt数据库，然后得到比对的蛋白的ID，再经过筛选后再去看蛋白相关的GO term。但是，这么多基因我也不可能一个一个查啊，那就Python爬虫吧。

将基因组fasta文件合并成一行：

R语言对fasta这种超大的字符文件进行处理真的是太慢了，Python是真的香啊！

引物设计网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

统计某个特定字符串出现的次数： 1grep -c '>' filename 查看某个特定字符出现的行数： 1grep -n '>' filename 根据gff文件提取基因序列： 12awk '{if ($3=="gene") print}' ylg.gff3 > ylg.gene.gff3bedtools getfasta -fi your_fasta.file -bed

最近在分析水稻的转录组数据，用的参考基因组是我们小组自己组装的，没有用常见的那几个参考基因组做比对，这就导致一个问题，

海外服务器爬NCBI是真的香！！！

酚酸是不是水稻中的化感物质？ 为什么会有这个问题呢？

最近打算用bookdown记实验记录，实在是受不了Word了。