想下载几千个细菌的基因组做泛基因组分析，结果啊总是网络错误下载失败。于是我就搜了搜，发现这个： Genomes Download (FTP) FAQ 发现这个链接的命名非常有规律可循。 那就R语言伺候： 1234567891011121314df.bins.pan.info %>% dplyr::select(`Assembly Accession`, `Assembly Name`

1234conda config --add channels conda-forgeconda config --set channel_priority strictconda search r-baseconda install -c conda-forge r-base=4.1.2 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com

R语言对fasta这种超大的字符文件进行处理真的是太慢了，Python是真的香啊！

文献 Rognes T, Flouri T, Nichols B, et al. VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics[J]. PeerJ, 2016, 4: e2584. 安装直接使用mamba安装： 1mamba install bioconda::vsearch 流程常规的扩增子流程： 序列双端合并；去除两端接头，F

首先，直接在ENA上检索想要下载的数据，如： 有两个信息很重要，MD5值和Aspera链接。 选择TSV下载格式将信息下载下来，然后使用R进行处理，获得最终要的数据格式。R代码如下： 1234567891011121314151617181920212223rm(list = ls())dir("data/生信挖掘/水稻多效基因/data/ENA下载信息/") %>% as.data.

准备在NAS上折腾的，各种端口开放不方便，直接就用腾讯云服务器折腾吧。。。。。。 安装并运行数据库安装： 1docker pull mysql:8.0.31 运行： 官方模板 123456789101112docker run \-d \--name mysql \#【可选修改】数据库 root 用户的密码 -e MYSQL_ROOT_PASSWORD=jasmine888 \-p 3306:

下载安装 Ding W, Baumdicker F, Neher R A. panX: pan-genome analysis and exploration[J]. Nucleic acids research, 2018, 46(1): e5-e5. 我是用mamba安装的： 123mamba create --name panXmamba activate panXmamba insta

Kraken taxonomic sequence classification system Version 2.1.3 Operating Manual Table of Contents Introduction System Requirements Installation Kraken 2 Databases Standard Kraken 2 Databa

登录阿里云获取专用镜像链接：https://cr.console.aliyun.com/cn-hangzhou/instances/mirrors 修改配置文件 1sudo vi /etc/docker/daemon.json 加入下面的内容： 123{ "registry-mirrors": ["https://xxxxxxx.mirror.aliyuncs.com"]} 💌l

经常要批量读取网页文件，有时候URL会报错，循环的程序就断开了，很麻烦。学习到一种tryCatch的方法。 12345678910111213141516171819202122for (i in 1:nrow(kegg.id)) { tryCatch({ Sys.sleep(0.5) KEGGREST::keggGet(kegg.id$id[i]) -> temp

CART 模型 ，即 Classification And Regression Trees。它和一般回归分析类似，是用来对变量进行解释和预测的工具，也是数据挖掘中的一种常用算法。如果因变量是连续数据，相对应的分析称为回归树，如果因变量是分类数据，则相应的分析称为分类树。

之前写过用Python爬取中文文献，但是更多时候需要的是英文文献，就写了个英文的爬虫代码。