Notung推断基因的丢失和复制事件
Java安装从https://www.java.com/en/download/下载安装Java，一路默认即可，免得环境变量里面没有。 下载Nutong从http://goby.compbio.cs.cmu.edu/Notung/download29.html下载Nutong。解压后找个位置存放。 准备数据需要两个数据： 基因系统发育树：前缀需要有物种名称或者是代码。 物种系统发育树。
加速服务器访问GitHub
访问GitHub的速度真的是一言难尽啊，加速吧。。。。 下载个Clash，搞个配置文件； 下载Country.mmdb； 放后台运行： 1nohup ./clash-linux-amd64-v1.18.0 -f clashconfig.yml & 指定端口： 12export http_proxy=http://127.0.0.1:7890export https_proxy=ht
R语言笔记
概览 R语言基础R语言简介R语言应用谷歌学术2022年8月10日截图： 软件安装如果电脑分成系统盘（C盘）和非系统盘（非C盘），先在非C盘的位置创建文件夹R，然后安装R和RStudio的时候选择安装在这个路径。 R 所有版本下载地址 Windows旧版本下载地址 RStudio 官网下载地址 rtoolsrtools的作用可以简单理解为有时候有些R包的安装需要用rtools编译才能安装。 注
氨基酸转运子调控植物免疫-生长平衡
背景知识先天免疫与诱导免疫植物的先天免疫可以分为PTI和ETI。除了先天免疫之外，当植物从生物胁迫中恢复以后，会获得持续时间较长的抗性，这种叫做诱导抗性（induced resistance，IR）。获得IR的植株在遭受第二次侵染时，能够更快更强地做出响应以保护自己。IR通常有如下几种方式： 由先天免疫激发； 由根际微生物激发：如有益微生物； 由特定化合物激发：如挥发性有机化合物和β 氨基酸。
DNA甲基化数据分析流程
参考文献 Wilkinson S W, Hannan Parker A, Muench A, et al. Long-lasting memory of jasmonic acid-dependent immunity requires DNA demethylation and ARGONAUTE1[J]. Nature Plants, 2023: 1-15. 原始数据：点击查看 参考基因组E
RstudioServer报错解决
突然的报错。。。。。。 123👉👉👉➡️ df -hl /tmp文件系统 容量 已用 可用 已用% 挂载点/dev/sda2 439G 426G 0 100% / 原来是这个系统盘爆满了，系统在上面，也不敢随便删文件。 检索一番，找到解决方法：在自己的家目录下创建.Renviron这个文件，输入下面的内容： 1TMP=/home/username
Nature杂志统计知识合集
偶然发现的一个合集：Statistics for Biologists. 统计学不会告诉我们是对还是错，只会告诉我们犯错的可能性！ Statistics does not tell us whether we are right. It tells us the chances of being wrong. 不确定性的重要性 误差棒(Error bar)点击查看文献原文 误差棒有三种类型
README4biohelpers
Some useful script tools written during data processing. Installation12345git clone git@github.com:lixiang117423/biohelpers_python.gitcd biohelpers_pythonpip install -e . or: 1pip install biohelpers D
间作系统中的抗性诱导
文献信息原文链接 研究背景增加栽培系统中的生物多样性能够有效促进农业的可持续发展。间作是增加农田生物多样性的有效手段。间作系统中的植物-植物互作是影响间作系统整体抗性的关键部分（下图）。在植物-植物间作系统中存在多种信号及其传播途径： 地上部分的挥发物性有机化合物：通过空气传播。 地下部分的根系分泌物：植物-植物间直接作用，或者是通过微生物等实现间接作用。 提出科学问题间作系统中的植株受到
gff文件缺少gene特征
1awk -F"[\t=]" 'BEGIN{OFS="\t"}{if($3=="mRNA"){print $1,$2,"gene",$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10 ; print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10"Parent="$10;}else{print $0}}' all.gff3 > all.gff3.new 复制粘贴使用： 1aw