shiny4qPCR-qPCR数据处理一站式解决方案
为什么做shiny4qPCRqPCR是现代分子生物学基础，其基本过程涉及引物设计、RNA（DNA）提取、qPCR实验、qPCR数据处理等。从研究生阶段到现在的博士阶段，我需要做大量的qPCR实验，每次数据处理都比较麻烦，虽然已经基本实现流程化了，但还是比较麻烦，因此，以RStudio的shiny-server为基础，写了个shiny app，专门用于处理qPCR相关数据。 注：目前软件源代码尚未
qPCR注意事项
参考文献： Bustin S A, Beaulieu J F, Huggett J, et al. MIQE precis: Practical implementation of minimum standard guidelines for fluorescence-based quantitative real-time PCR experiments[J]. 2010. 💌lix
端口转发+SSL证书部署
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相关性分析和回归分析
一直把相关性分析和回归计算搞混，某次组会下定决心把这两个东西分清楚。 Items 相关性 简单回归 量化关系方向 √ √ 量化关系强度 √ √ 展示因果和效应 × √ 是否能够进行预测 × √ 变量之间的位置是否能够互换 √ × 表达方式 一个数值 一个等式 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmai
基因家族分析
基因家族分析是一种常见的生物信息学分析套路，也是生物信息学数据挖掘发表小文章常用的分析方法，和GEO挖掘等类似。基因家族的分析鉴定可以用pfam上的hmm文件进行基因家族的检索鉴定，也可以用blast的方法进行比对鉴定，通常是适用拟南芥对应的基因家族进行比对鉴定。植物转录因子数据库，点击访问。 基因家族分析思路及文章撰写思路基因家族分析是继GEO数据挖掘后，一种新的生物信息学挖掘策略。 如何做基因
生物信息学数据库
BUSCO：基因组组装质量评估软件。 使用教程：简书链接 Addgene：非营利性的质粒库 Primer3Plus：引物设计 DBD：转录因子预测数据库 Plant Transcription Factor Database：植物转录因子数据库 RiceNetDB：水稻基因互作数据库（浙大） RPAN: Rice Pan-genome Browser：水稻泛基因组数据库（上海交大） NC
ggmotif的使用
激发我开发这个R包的原因是在许做基因家族分析中的motif分析的时候总是找不到趁手的工具去可视化相关的结果，要么是在线网站，要么是别人开发的工具，网页版工具怕哪天就跑路了，别人的工具想要个性化比较困难。那，就自己写一个吧。 R包下载安装： 1234install.packages("ggmotif")# 或者devtools::install_github("lixiang117423/ggmot
Ubuntu搭建shiny-server
从这里开始写正文 1234567891011121314151617181920212223#root 权限进入sudo suuseradd shiny # 添加shiny用户passwd shiny # 修改shiny用户的密码chmod +w /etc/sudoers # 修改权限sudo vim /etc/sudoers # 编辑# root ALL=(ALL) ALL 该行，在下面添加 s
科研的正确打开方式-GOHREP
GOHREP—GOal, Hypothesis, Rationale, Experimental Plan GOal 主要目的 在项目中想实现什么目的 Hypothesis 基于事实的猜想 熟悉相关概念 Rationale 描述支撑假设的发现或现象 通常是基于初步的数据 可以分为scientific和strategic scientific strategic 设备 资金 生物资源 其他