1C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin> .\ascp.exe -i .\temp\chhf.openssh -QT -l1000m -k1 -d 'F:\Raw Data\Figure 6 Raw data for RNA-seq\RNA-seq raw data\Os75a-1r

写在前面趁着这次培训，把学的东西都整理一下。不断更新，想到啥更新啥。。。。。。 软件推荐 ssh工具：目前在用的是Tabby，比较满意的是在一个窗口就可以实现ssh+文件的上传下载。 markdown工具：现在在用的是Typora，付费版本。 代码编辑工具： R：RStudio 其他：VS Code 软件安装VScode使用VScode主要是为了方便远程连接服务器进行远程开发。体验了几次，

统计建模什么是统计模型所有的假设统计检验和参数的统计估计都来源于统计模型。那么，什么是统计模型呢？可以将统计模型简单理解为一个数学等式。 概率的类型基本上可以分为两类： aleatory probability：可以理解为客观的概率，不受人为影响，如骰子出现的数字； epistemic probability：主观概率，比如提前知道骰子被动了手脚，那么每个数字出现的概率就不相等了。 概率和统计

下载zsh安装包https://packages.msys2.org/package/zsh?repo=msys&variant=x86_64 将下载的文件解压后放到Git-bash的安装目录下，如C:\Program Files\Git\git-bash.exe。 在.bashrc文件中加入代码： 123if [ -t 1 ]; then exec zshfi 然后再终端输入zsh即

先是疯狂报错： 1234567891011121314151617181920212223242526......installing to /opt/homebrew/lib/R/4.5/site-library/00LOCK-igraph/00new/igraph/libs** R** demo** inst** byte-compile and prepare package for laz

软件地址：https://github.com/gpertea/gffread 提取转录本序列 1gffread YLG.gff3 -g YLG.sort.fasta -w ylg.trans.fa 提取CDS序列 1gffread YLG.gff3 -g YLG.sort.fasta -x ylg.cds.fa 提取蛋白序列 1gffread YLG.gff3 -g YLG.sort

中文功能概述fastp 质控模块是 biopytools 工具包中的高效 FASTQ 数据质量控制工具，支持单端和双端测序数据的批量处理。该模块封装了 fastp 工具，提供了便捷的批处理功能和灵活的参数配置。 主要特性 🚀 高效批处理：自动识别和处理整个目录下的 FASTQ 文件 🔧 灵活配置：支持多种质控参数的自定义设置 📊 质量报告：自动生成 HTML 和 JSON 格式的质控报告 �

ANNOVAR 自动化注释流程脚本目录 简介 主要功能 环境要求 安装与准备 使用方法 基本用法 参数详解 分步执行 工作流程详解 输出文件 注意事项 简介本项目是一个功能强大的Python脚本，旨在自动化执行ANNOVAR对VCF文件的完整注释流程。它特别适用于非模式生物或使用自定义基因组注释（GFF3文件）的研究场景。 脚本将从原始的GFF3注释文件和基因组序列文件开始，自动生成ANNO

Java安装从https://www.java.com/en/download/下载安装Java，一路默认即可，免得环境变量里面没有。 下载Nutong从http://goby.compbio.cs.cmu.edu/Notung/download29.html下载Nutong。解压后找个位置存放。 准备数据需要两个数据： 基因系统发育树：前缀需要有物种名称或者是代码。 物种系统发育树。

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概览 R语言基础R语言简介R语言应用谷歌学术2022年8月10日截图： 软件安装如果电脑分成系统盘（C盘）和非系统盘（非C盘），先在非C盘的位置创建文件夹R，然后安装R和RStudio的时候选择安装在这个路径。 R 所有版本下载地址 Windows旧版本下载地址 RStudio 官网下载地址 rtoolsrtools的作用可以简单理解为有时候有些R包的安装需要用rtools编译才能安装。 注

背景知识先天免疫与诱导免疫植物的先天免疫可以分为PTI和ETI。除了先天免疫之外，当植物从生物胁迫中恢复以后，会获得持续时间较长的抗性，这种叫做诱导抗性（induced resistance，IR）。获得IR的植株在遭受第二次侵染时，能够更快更强地做出响应以保护自己。IR通常有如下几种方式： 由先天免疫激发； 由根际微生物激发：如有益微生物； 由特定化合物激发：如挥发性有机化合物和β 氨基酸。