命令行的艺术
以下内容来自：https://github.com/jlevy/the-art-of-command-line/blob/master/README-zh.md 命令行的艺术 前言 基础 日常使用 文件及数据处理 系统调试 单行脚本 冷门但有用 仅限 OS X 系统 仅限 Windows 系统 更多资源 免责声明 熟练使用命令行是一种常常被忽视，或被认为难以掌握的技能，但实际上，它会提高你作
QIIME2学习笔记
安装直接用Docker安装。 官方教程：https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/ 数据QIIME2中的数据： 测序数据：.qza格式。因此需要先将测序下机的.fasta格式的文件转换成.qza格式的文件。同样，.qza格式文件也可以导出成其他格式。 样品信息（metadata） 可视化数据：.qzv格式。这个文件是分析过程中产生的临时文件。这中
Ubuntu服务器配置静态IP
实验室的服务器需要配置静态IP，折腾了一天都没有搞定。今早上在去实验室的路上突然想到，“我没有重启网络管理器啊😂” 配置IP 123456789auto loiface lo inet loopbackauto eno1np0 # 需要设定的网络端口address x.x.x.x # 固定IP地址netmask x.x.x.x # 掩码gateway x.x.x.x # 网关dns-name
shell终端美化配置
安装官方版本 1234567891011wget https://raw.githubusercontent.com/ohmyzsh/ohmyzsh/master/tools/install.sh sh install.shsudo apt install powerline fonts-powerline #安装字体sudo apt install zsh-syntax-highlighti
frp内网穿透
项目地址：https://github.com/fatedier/frp/ 服务端配置 123456789101112131415161718[common]# frp监听的端口，默认是7000，可以改成其他的bind_addr = 0.0.0.0bind_port = 70000# 授权码，请改成更复杂的token = pl00000000000# frp管理后台端口，请按自己需求更改das
featurecounts使用
下载 1wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-2.0.2/subread-2.0.2-Linux-x86_64.tar.gz 将bin目录加入到环境变量即可。 使用案列 1234567/srv/software/subread/bin/featureCounts -p -t exon -g transcr
生物信息学中的文件格式
bam文件 第一列：QNAME: 比对序列的名称。 第二列：FLAG: 比对的类型。paring、strand、 mate strand 等等。不同的数值代表不一样的比对类型。 第三列：RNAME：表示 read 比对的那条序列的序列名称。如果第三列是”*“，则说明这条 read 没有比对上。 第四列：POS。表示 read 比对到 RNAME 这条序列最左边的位置。 第五列：mapping 的质
从bam文件中提取比对上与否的序列
123samtools view -f 4 file.bam > unmapped.samsamtools view -b -f 4 file.bam > unmapped.bamsamtools view -b -F 4 file.bam > mapped.bam 1samtools view x.bam | awk '$3=="*" {print ">"$1"\n"$1
DualRNA-Seq分析流程
参考流程：https://nf-co.re/dualrnaseq/1.0.0/usage Ewels P A, Peltzer A, Fillinger S, et al. The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines[J]. Nature biotechnology, 2020, 38(3): 276-
Julia学习笔记
软件安装等 安装GLmakie报错 1]add StatsFuns@0.9.3 数据导入导出点击下载JupyterLab笔记 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com