命令行的艺术
以下内容来自：https://github.com/jlevy/the-art-of-command-line/blob/master/README-zh.md 命令行的艺术 前言 基础 日常使用 文件及数据处理 系统调试 单行脚本 冷门但有用 仅限 OS X 系统 仅限 Windows 系统 更多资源 免责声明 熟练使用命令行是一种常常被忽视，或被认为难以掌握的技能，但实际上，它会提高你作
记一次Docker使用的坑
最近在使用谷歌的DeepVariant处理三代数据，然后发现某个文件系统爆满了。。。。。。 1/dev/sda2 439G 439G 0G 0% / 然后我就发现Rstudio Server无法使用了（点击跳转），我以为是Rstudio Server出问题了，没多想。晚上的时候我想创建个conda环境，遇到报错说无法写入磁盘，磁盘空间已满。奇了怪了，我的conda是安装在家
科研的正确打开方式-GOHREP
GOHREP—GOal, Hypothesis, Rationale, Experimental Plan GOal 主要目的 在项目中想实现什么目的 Hypothesis 基于事实的猜想 熟悉相关概念 Rationale 描述支撑假设的发现或现象 通常是基于初步的数据 可以分为scientific和strategic scientific strategic 设备 资金 生物资源 其他
转录组Ballgown流程
前处理： gff转换成gtf： 1gffread Oryza_sativa.IRGSP-1.0.51.gff3 -T -o rice.gtf 提取外显子和可变剪切： 123hisat2_extract_exons.py IRGSP-1.0_representative_transcript_exon_2021-05-10.gtf >IRGSP-1.0.exon hisat2_extract
全基因组DNA甲基化分析流程
测序原理甲基化的C在Bisulfite处理后不会发生变化；未发生甲基化的C在处理后会变为U，PCR扩增后会变为T. 因此甲基化比对时需要特定的基因组，所以需要对基因组进行转换：C->T 和 G->A. 上游分析DNA甲基化比对使用最广泛的比对软件是Bowtie2，因此选择Bowtie2作为比对器（不同的比对软件需要不同的index文件）。 基因组准备需要基因组序列文件，把gff3文件
钙离子介导的水稻免疫机制
这是一篇让人读完以后叹为观止的文章，精彩，实在是精彩！ 故事是这样开始的，在TP309（粳稻）育种群体中，发现一个很特殊的变种，这个变种携带了一个叫做rod1的基因，这个基因有什么特别的地方呢？通过田间试验和室内试验发现，携带了rod1基因的植株对水稻纹枯病、水稻稻瘟病和水稻白叶枯病这三种严重影响水稻生产的病害都具有广谱抗性（下图ABC）；而且，其植株体内的SA和JA的含量也比TP309的高很多
部署GROBID和BioBERT
GROBID安装重要是使用docker进行安装。 1docker pull grobid/grobid:0.8.1 运行1docker run --rm --init --ulimit core=0 -p 8070:8070 docker.1ms.run/grobid/grobid:0.8.1 使用 全量模式：有GPU的时候可以使用。 1docker run --rm --gpus all --
从gff3文件提取基因长度
123456library(GenomicFeatures)txdb <- makeTxDbFromGFF("../genome/me.gff3",format="auto")exons_gene <- exonsBy(txdb, by = "gene")exons_gene_lens <- lapply(exons_gene,function(x){sum(width(redu