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WGS学习笔记

FASTA和FASTQ文件格式FASTAFASTA是已知序列的存储文件,以>开头,
2021-03-01
生物信息学
#生物信息学

VScode远程连接服务器并使用R

实验室服务器重装系统后RStudio无法登录,没法解决,索性使用VScode解决。 服务器端使用mamba管理R包。只需要安装如下几个包即可: 1234mamba create --name r # 新建环境mamba install -c conda-forge r-base # 安装Rmamba install -c conda-forge r-languageserver # 安装langu
2023-03-13
生物信息学
#生物信息学

WSL安装运行docker

Docker的安装参考的安装教程:Docker-从入门到实践。关键的代码如下: 1234curl -fsSL test.docker.com -o get-docker.shcurl -fsSL get.docker.com -o get-docker.shsudo sh get-docker.sh --mirror Aliyunsudo sh get-docker.sh --mirror Azu
2021-12-06
生物信息学
#生物信息学 #软件安装 #WSL #docker

Windows下使用Aspera上传数据到NCBI

1C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin> .\ascp.exe -i .\temp\chhf.openssh -QT -l1000m -k1 -d 'F:\Raw Data\Figure 6 Raw data for RNA-seq\RNA-seq raw data\Os75a-1r
2022-03-25
生物信息学
#生物信息学

WSL设置内存和线程数

从这里开始写正文 Windows + R 键,输入 %UserProfile% 并运行进入用户文件夹; 新建一个 {% label .wslconfig purple %} 文件,写入下面的内容: 1234[wsl2]memory=30Gswap=12Gprocessors=12 先关闭WSL: 1wsl --shutdown 再开启即可: 1wsl 💌lixiang117423
2021-11-25

Word交叉引用设置颜色为蓝色

参考知乎文章。 编辑一个新的宏: 12345678Sub CitingColor() For i = 1 To ActiveDocument.Fields.Count '遍历文档所有域 If Left(ActiveDocument.Fields(i).Code, 4) = " REF" Or Left(ActiveDocument.Fields(i).Code, 14) = "
2023-09-11
文献阅读
#文献阅读

Windows下Git-bash配置zsh主题

下载zsh安装包https://packages.msys2.org/package/zsh?repo=msys&variant=x86_64 将下载的文件解压后放到Git-bash的安装目录下,如C:\Program Files\Git\git-bash.exe。 在.bashrc文件中加入代码: 123if [ -t 1 ]; then exec zshfi 然后再终端输入zsh即
2023-05-11
生物信息学
#生物信息学

Zotero删除重复文献条目

在左侧的{% label 重复条目 purple %}里面选中所有重复的文献条目,以此点击Tools-Developer-Run JavaScript,复制粘贴下方的代码运行: 123456var DupPane = Zotero.getZoteroPanes();for(var i = 0; i < 1000; i++) {await new Promise(r => setTime
2021-12-09
文献阅读
#文献阅读

pfastq-dump使用

软件地址 1https://github.com/inutano/pfastq-dump 批量处理 1for i in SRR*; do pfastq-dump -t 50 -s $i -O fastq/; done 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
2022-01-11
生物信息学
#生物信息学 #软件使用 #pfastq-dump

python传参示例

12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243import osimport reimport argparseparser = argparse.ArgumentParser(description="You should add those parameters")parser.add_
2022-03-24
生物信息学
#生物信息学

qPCR:从样品采集到表达量计算

参考文献 Taylor S C, Nadeau K, Abbasi M, et al. The ultimate qPCR experiment: producing publication quality, reproducible data the first time[J]. Trends in Biotechnology, 2019, 37(7): 761-774. 采样计划 有多少个处
2022-10-24
生物信息学
#生物信息学

pip加速

1-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 💌lixiang117423@foxmail.com💌lixiang117423@gmail.com
2022-01-19
生物信息学
#生物信息学 #Python
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