WSL部署JBrowse

更新软件列表

sudo apt update
sudo apt upgrade

安装 Node.js 和 npm

# 安装 nvm (Node Version Manager)，这是管理Node.js版本的最佳方式
curl -o- https://raw.githubusercontent.com/nvm-sh/nvm/v0.39.7/install.sh | bash

# 让 nvm 生效 (或者直接重启WSL终端)
source ~/.bashrc

# 安装最新的长期支持版 (LTS) Node.js
nvm install --lts

# 验证安装成功
node -v  # 应该会显示一个版本号，如 v20.x.x
npm -v   # 应该也会显示一个版本号

安装 JBrowse 2 命令行工具和依赖

# 使用 npm 全局安装 JBrowse CLI
npm install -g @jbrowse/cli

sudo apt install samtools bcftools tabix

npm install -g serve

创建 JBrowse 项目目录

# 在你的主目录下创建一个 jbrowse 文件夹
mkdir ~/jbrowse
cd ~/jbrowse

# 初始化一个新的 JBrowse 实例，这会在当前目录生成一些配置文件
jbrowse create .

# 手动下载文件后本地创建环境
jbrowse create . --url ./jbrowse-web-v3.6.5.zip --force

格式化参考基因组

# 假设你的基因组文件是 Erysimum_cheiranthoides_chromosomes.fna
bgzip Erysimum_cheiranthoides_chromosomes.fna
# 上一步会生成 .fna.gz 文件

samtools faidx Erysimum_cheiranthoides_chromosomes.fna.gz

添加Track文件

# 添加参考基因组
jbrowse add-assembly Erysimum_cheiranthoides_chromosomes.fna.gz --name "Echeiranthoides_v1" --load copy
# --name: 给基因组起个好记的名字
# --load copy: 会把文件复制到 JBrowse 目录中，便于管理

# 添加你的 BAM 文件轨迹 (Track)
jbrowse add-track /path/to/your/sample1.sorted.bam --name "Sample1_BAM" --assembly "Echeiranthoides_v1" --load copy
jbrowse add-track /path/to/your/sample2.sorted.bam --name "Sample2_BAM" --assembly "Echeiranthoides_v1" --load copy

# 添加 VCF 文件轨迹 (Track)
jbrowse add-track /path/to/your/variants.vcf.gz --name "All_Variants" --assembly "Echeiranthoides_v1" --load copy

启动

serve -l tcp://0.0.0.0:3000

PowerShell端口转发

netsh interface portproxy add v4tov4 listenport=3000 listenaddress=0.0.0.0 connectport=3000 connectaddress=172.31.42.200

防火墙配置允许访问3000端口

1. 打开高级安全 Windows Defender 防火墙:
   • 在 Windows 搜索框中输入 “防火墙”。
   • 选择 “高级安全 Windows Defender 防火墙”。
2. 创建入站规则:
   • 在左侧面板点击 “入站规则”。
   • 在右侧面板点击 “新建规则…”。
3. 配置规则:
   • 规则类型: 选择 “端口“，点击 “下一步”。
   • 协议和端口: 选择 “TCP“，然后在 “特定本地端口” 中输入 3000，点击 “下一步”。
   • 操作: 选择 “允许连接“，点击 “下一步”。
   • 配置文件: 将 “域”、”专用”、”公用” 三个都勾选上，点击 “下一步”。
   • 名称: 给规则起一个名字，例如 JBrowse WSL Port，然后点击 “完成”。