WSL安装运行docker

Docker的安装

参考的安装教程：Docker-从入门到实践。关键的代码如下：

curl -fsSL test.docker.com -o get-docker.sh
curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh
sudo sh get-docker.sh --mirror Aliyun
sudo sh get-docker.sh --mirror AzureChinaCloud

Docker的使用

Docker默认是需要root用户才能使用的，在Windows上我习惯于进入Powershell后执行下面的命令启动Docker：

wsl --shutdown # 先关闭wsl
wsl # 启动WSL
sudo su # 进入root
sudo service docker start # 启动Docker
su xiang # 切换会用户（非root权限）

如何从WSL1切换到WSL2

我在Windows上使用Docker遇到的一个很奇怪的问题是，我之前的版本是WSL1,Docker无论如何都无法使用，搜索半天也没有找到解决方法，索性将WSL1升级成WSL2，没想到问题就那样解决了。参考教程：知乎：WSL1 升级为WSL2。下面是升级的过程：

• 下载对应的内核更新包：点击下载

• CMD中管理员身份运行代码：

dism.exe /online /enable-feature /featurename:VirtualMachinePlatform /all /norestart

• 设置版本

wsl --set-version Ubuntu-20.04 2

其中的Ubuntu-20.04是通过代码wsl -l -v查看到的。

然后再次重启WSL即可。

下载Docker镜像

在Docker Hub中检索下载需要的镜像。

Docker的使用

进入WSL后运行下方代码运行Docker：

sudo service --status-all 
sudo service docker start
sudo service docker start
docker run -v /mnt/:/work -it omicsclass/rnaseq

其中的work是不一定的，需要看镜像给的路径是啥。

如何创建自己的镜像

先从Docker Hub下载Ubuntu的官方镜像，然后在镜像中安装需要的软件。
PS：如何加速pip的下载：

pip install django -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

加速的R包的下载安装：

options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

在安装完成需要的软件后，先运行exit退出Docker，然后运行下面的代码生成新的镜像：

docker commit -m " add some softwares for RNA-Seq" -a "xiangli" 21bfa810c811 lixiang117423/rnaseq:v1

然后登陆自己的Docker，登录以后把新的镜像推送到Docker Hub即可：

docker push lixiang117423/rnaseq:v1

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