TASSEL进行GWAS分析

一开始折腾的是GAPIT，可是老是报错，实在是没办法了，就折腾TASSEL.

参考文献

Bradbury P J, Zhang Z, Kroon D E, et al. TASSEL: software for association mapping of complex traits in diverse samples[J]. Bioinformatics, 2007, 23(19): 2633-2635.

下载安装

直接从https://tassel.bitbucket.io/下载安装即可。

数据准备

基因型文件

一开始准备了各种文件，但是一直报错，索性就直接用VCF文件了：

表型文件

表型文件前面需要加上<Trait>，第二列就是表型名称。

导入文件

选择这个模式就会自动识别数据类型。

基因型文件长这样：

表型文件长这样：

同时选中基因型文件和表型文件，选择Data中的数据合并就能将两个数据合并为一个：

GLM

选择上一步中合并得到的文件，选择Analysis中的GLM就能使用GLM进行GWAS分析。选中得到的结果文件，选择Results中的Q-Q图和曼哈顿图就能得到这两个图形：

MLM

在使用MLM之前需要先构建Kinship，选中基因型文件，再选择Analysis中的Kinship就能得到Kinship.

选中之前合并的基因型文件和表型文件，再选中生成的Kinship矩阵就能使用MLM进行GWAS分析了：

可视化

得到结果表格后就可以使用ggplot2对数据进行可视化了。