Pan-基因家族鉴定方法

参考文献

Shang L, Li X, He H, et al. A super pan-genomic landscape of rice[J]. Cell Research, 2022: 1-19.

这篇文献中要鉴定的是pan-NLRome，使用的方法是：

• InterProscan软件注释，筛选阈值是E-value < 1e−4；
• NLR-Parser鉴定结构域；
• 上面两个结果交叉验证；
• 含有NB-LRR结构域和motif9、10及11的都算作NLRs;
• 使用Nipponbare及Tetep的基因组对上述方法进行验证，保证方法的稳定性；
• 将95%的品种中都出现的基因定义为core non-redundant NLRs，其余的是dispensable NLRs。