记录转录组遇到的一个坑

跑水稻的转录组，96个样品。

前面的所有流程都没有问题，跑到Counts计数的时候，全部都是0！！！不管是HtSeq还是FeatureCounts，计算出来全部都是0。然后我重新下载了别的参考基因组和注释信息，跑出来完全没有问题。一直不知道是哪里出现了问题。我也忘记是怎么排查的了，发现基因组染色体的名称和gtf文件里面的不一样：

  • 基因组文件的染色体编号：
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
>Chr1_IR64
>Chr2_IR64
>Chr3_IR64
>Chr4_IR64
>Chr5_IR64
>Chr6_IR64
>Chr7_IR64
>Chr8_IR64
>Chr9_IR64
>Chr10_IR64
>Chr11_IR64
>Chr12_IR64
  • gtf文件长这样：
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
Chr1    IR64    transcript      1870    3544    .       +       .       transcript_id "OsIR64G0100000100.01.T04"; gene_id "OsIR64G0100000100.01";
Chr1    IR64    exon    1870    2207    .       +       .       transcript_id "OsIR64G0100000100.01.T04"; gene_id "OsIR64G0100000100.01";
Chr1    IR64    exon    2293    2555    .       +       .       transcript_id "OsIR64G0100000100.01.T04"; gene_id "OsIR64G0100000100.01";
Chr1    IR64    exon    3296    3544    .       +       .       transcript_id "OsIR64G0100000100.01.T04"; gene_id "OsIR64G0100000100.01";
Chr1    IR64    CDS     2388    2555    .       +       0       transcript_id "OsIR64G0100000100.01.T04"; gene_id "OsIR64G0100000100.01";
Chr1    IR64    CDS     3296    3403    .       +       0       transcript_id "OsIR64G0100000100.01.T04"; gene_id "OsIR64G0100000100.01";
Chr1    IR64    transcript      1870    7601    .       +       .       transcript_id "OsIR64G0100000100.01.T03"; gene_id "OsIR64G0100000100.01";
Chr1    IR64    exon    1870    2207    .       +       .       transcript_id "OsIR64G0100000100.01.T03"; gene_id "OsIR64G0100000100.01";
Chr1    IR64    exon    2293    2555    .       +       .       transcript_id "OsIR64G0100000100.01.T03"; gene_id "OsIR64G0100000100.01";
Chr1    IR64    exon    3296    3394    .       +       .       transcript_id "OsIR64G0100000100.01.T03"; gene_id "OsIR64G0100000100.01";

索性直接把基因组里面的ID换掉，和gtf文件保持一致。

然后，居然就OK了，真的是万万没想到阿！😄

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生物信息学
#生物信息学
记录转录组遇到的一个坑
https://lixiang117423.github.io/article/onebug4rnaseq/
作者
小蓝哥
发布于
2022年1月15日
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