起因
需要大量使用CDD-Search检索结构域，但是网页版有限制，单次序列不能超过1000条（我单次就近条啊），索性直接在服务器上搭建CDD本地版。
数据下载
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| ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i ~/mambaforge/envs/tools4bioinf/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/pub/mmdb/cdd/cdd.tar.gz ./
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然后直接解压即可。
数据库构建
新建了一个blast+的环境才运行成功。
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| makeprofiledb -in Cdd.pn -out ../db/ncbi.cdd -dbtype rps
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比对
同样需要进入新的环境进行操作。
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| rpsblast -query results/oryza.1/6.all.wrky.pep.fa -outfmt 6 -evalue 0.01 -db ~/database/ncbi.cdd/db/ncbi.cdd -out results/oryza.1/7.ncbi.cdd.res.txt -num_threads 60
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结构域匹配
下载分类信息
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| ascp -v -k 1 -T -l 1000m -i ~/mambaforge/envs/tools4bioinf/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nih.gov:/pub/mmdb/cdd/cddid.tbl.gz ./
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解压后如下：
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| 427140 pfam03106 WRKY WRKY DNA -binding domain. 57
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剩下的就是将比对的结果和这个表进行关联即可。