GTDB-Tk数据库配置

安装

安装使用mamba即可。

下载

下载地址：https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release214/214.1/auxillary_files/

下载最大的这个文件：

下载完成后解压即可。

配置

初次运行显示：

将数据库软连接过去即可：

ln -s ~/database/gtdb.v207/* ~/mambaforge/envs/metagenome.NatComm/share/gtdbtk-1.0.2/db/

再运行就OK了：

使用

假设注释宏基因组的MAG：

gtdbtk classify_wf \
--cpus 16 \
-x fa \
--genome_dir bins_drep_comp70/dereplicated_genomes/ \
--out_dir anno_drep_comp70/