生物信息学中的文件格式

bam文件

• 第一列：QNAME: 比对序列的名称。
• 第二列：FLAG: 比对的类型。paring、strand、 mate strand 等等。不同的数值代表不一样的比对类型。
• 第三列：RNAME：表示 read 比对的那条序列的序列名称。如果第三列是”*“，则说明这条 read 没有比对上。
• 第四列：POS。表示 read 比对到 RNAME 这条序列最左边的位置。
• 第五列：mapping 的质量值。
• 第六列：CIGAR。比对的具体情况。
• 第七列：MRNM。mate 序列所在参考序列的名称。mate 一般指大的片段序列。
• 第八列：MPOS。mate 序列在参考序列上的位置
• 第九列：ISIZE。文库插入片段长度。
• 第十列：reads sequence。
• 第十一列：reads 对应的 ASCII 码格式的碱基质量值
• 第十二列：可选的区域。

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