eggNOG-mapper本地化

• 从GitHub克隆项目

git clone https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper.git

• 下载数据库放在data文件夹下并解压
• 开始使用
  • 需要安装diamond，版本越新越好
  • python：需要使用python3
  • i：输入文件
  • out：输出文件
  • m：使用diamond比对

python emapper.py -i pep.fa --output out -m diamond --cpu 12

• 输出结果

1\. query_name 输入的ID
2\. seed eggNOG ortholog 在eggNOG中比对到的最佳结果
3\. seed ortholog evalue
4\. seed ortholog score
5\. Predicted taxonomic group
6\. Predicted protein name 预测得到的蛋白名
7\. Gene Ontology terms 注释到的GO terms
8\. EC number
9\. KEGG_ko 注释到的ko
10\. KEGG_Pathway 注释到的通路
11\. KEGG_Module
12\. KEGG_Reaction
13\. KEGG_rclass
14\. BRITE
15\. KEGG_TC
16\. CAZy
17\. BiGG Reaction
18\. tax_scope: eggNOG taxonomic level used for annotation
19\. eggNOG OGs
20\. bestOG (deprecated, use smallest from eggnog OGs)
21\. COG Functional Category
22\. eggNOG free text description

421万条序列注释用了11小时。

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