记一次Docker使用的坑

最近在使用谷歌的DeepVariant处理三代数据，然后发现某个文件系统爆满了。。。。。。

/dev/sda2       439G   439G  0G    0% /

然后我就发现Rstudio Server无法使用了（点击跳转），我以为是Rstudio Server出问题了，没多想。晚上的时候我想创建个conda环境，遇到报错说无法写入磁盘，磁盘空间已满。奇了怪了，我的conda是安装在家目录下的，按理说不应该啊。那就只能排查这个文件系统了，一个一个排查我发现/var/lib/docker这个目录居然有428G，那应该就是它的问题了。同时，我放在后台的docker程序也报错了：

docker: Error response from daemon: symlink ../83015c017c4cbeca7cbaf3248462fd13528f81549c038e88c26ec76507e77c5c-init/diff /var/lib/docker/overlay2/l/TD4TFUUO33QMTKMIODMQWLAJE4: no space left on device.
See 'docker run --help'.
docker: Error response from daemon: symlink ../5433420e38c356b530dda7918881973db38bb75628c30e7705e6f3d8eca2cd56-init/diff /var/lib/docker/overlay2/l/KD57PX56I2UU6VYEXXDTTUZ574: no space left on device.
See 'docker run --help'.
docker: Error response from daemon: symlink ../c9467a5a794bd582ec479484962214ef5b1d68b3ca1db78e4db2ee4234df9b3e-init/diff /var/lib/docker/overlay2/l/5VQY4MJCHU5OSCQPLUUFU2RU6A: no space left on device.
See 'docker run --help'.

no space left on device提示我没有磁盘空间了。OK，就是docker的锅了。

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我原来的代码没有把运行完的docker容器删除掉，每个容器都在后台运行，就导致这样。把后台已经运行完的容器删除就好了：

docker container prune

居然释放出来那么多空间：
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Total reclaimed space: 441.3GB