生物信息学学习笔记-Willy出版社第四版

第九章-Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis

在挑选序列构建系统发育树的时候不能只看序列的名字，更应该看序列之间的相似度。最常用的方法就是BLAST。

怎么看一个系统发育树：

在a中，分支长度是不重要的，支长并不代表分化程度，展示的仅仅只是分支顺序。但是在b图中分支的长度就代表了分化程度。1+2+3表示的是Fly和Mouse之间的分化程度，1+2+4表示的是Fly和Human之间的分化程度。在b图中，只有水平的分支长度才有意义，垂直的分支只是为了好看。

区分两个概念：

• 序列一致性：完全对的上的序列；
• 序列相似性：在序列一致性的基础上加上在化学性质上具有相似性的序列。同系物就是具有相似序列的两个或多个序列。

出现基因加倍的情况的时候，选择过程会对同一个基因的不同拷贝施加不同的选择压，这样会导致同一个基因不同的拷贝出现不同的功能。

与基因加倍相关的序列叫做旁系同源（paralogs）。

什么叫水平基因转移呢？一个物种从另外一个物种中获得一个基因的过程。这时候不同的拷贝就叫xenologs。

没有比对上的区域叫做系统发育噪音，应该剔除。大部分都比对上的区域才会含有更多的系统发育信号。

几种模型：

• 替代（取代）模型：估计一个序列变成另外一个序列的可能性；同时也序列中不同位点全局变化的相对速率。

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