R包biohelpers使用说明

安装

从GitHub上安装：

devtools::install_github("lixiang117423/biohelpers")

常用的功能模块

主成分分析（PCA）

参数

• data：数据框，行是样品，列是特征值，比如基因表达量表行为样品名称，列为基因名称。
• sample：样品分组信息，有一列是sample，表示样品名称，需要和data的样品名称完全一致，
• pca.num：要保留计算结果中的多少个主成分轴，默认值是10，如果特征值少于十个则使用特征值数量。
• plot：是否绘图，默认是TRUE.
• x：用于绘制X轴的主成分，默认是pc1.
• y：用于绘制Y轴的主成分，默认是pc2.
• color：用于散点图上色的分组信息。
• shape：用于散点图形状的分组信息。

示例

library(dplyr)
library(tibble)
library(magrittr)

data <- iris[, 1:4]
sample <- iris$Species %>%
  as.data.frame() %>%
  rownames_to_column(var = "sample") %>%
  set_names(c("sample", "species"))

CommonlyUsed.PCA(data, sample) -> result.pca

返回的结果

• result.pca：FactoMineR::PCA()输出的结果。
• plot.pca：绘图结果。
• point.data：样品在每个主成分上的位置信息，用于绘制散点图。
• eigenvalue.pca：主成分的解释度。

转录组

代谢组

微生物组

差异微生物鉴定

LEfSe

参数

• data：数据框，行是特征值，列是样品名称，比如OTU丰度为行，样品名称在列。
• sample：样品分组信息，行名称是样品名称，需要和data的样品名称完全一致，
• groupCol：分组信息所在列的列名称。
• kruskal.threshold：Kruskal检验的阈值，默认是0.05.
• wilcox.threshold：Wilcox检验的阈值，默认是0.05.
• lda.threshold：LDA的阈值，默认是1.

示例

library(biohelpers)
library(dplyr)

data(df.call_DAMs_LEfSe.otu)
data(df.call_DAMs_LEfSe.sample)

Microbiome.call_DAMs_LEfSe(df.call_DAMs_LEfSe.otu, df.call_DAMs_LEfSe.sample) -> lefse.result

返回的结果

返回的是数据框，第一列是feature，第二列是scores.

宏基因组

基因家族