bedtools报错序列长度不一样的解决方法

使用bedtools提取结构域序列报错:

ERROR: mismatched line lengths at line 57775 within sequence Actinidia07630t11288xxPlantKGA_3

解决方法:

使用博德研究所的picard(地址:https://github.com/broadinstitute/picard/releases/tag/2.27.5)中的小工具([教程地址](https://broadinstitute.github.io/picard/command-line-overview.html#NormalizeFasta)):

image-20221028232924604

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java -jar picard.jar NormalizeFasta -I all.pep.fa.new.fa -O all.pep.fa.new.2.fa

序列文件必须以.fa结尾(我的数据是这样)。


bedtools报错序列长度不一样的解决方法
https://lixiang117423.github.io/article/bedtoolserror/
作者
小蓝哥
发布于
2022年10月28日
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