从bam文件中提取比对上与否的序列

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samtools view -f 4 file.bam > unmapped.sam
samtools view -b -f 4 file.bam > unmapped.bam
samtools view -b -F 4 file.bam > mapped.bam

1	`samtools view x.bam \| awk '$3=="*" {print ">"$1"\n"$10}' >x_no_mapped_reads.txt`

1	`bamToFastq -bam file_unmapped.bam -fq1 unmappedR1.fastq -fq2 unmappedR2.fastq`

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生物信息学

#生物信息学

从bam文件中提取比对上与否的序列

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作者

小蓝哥

发布于

2021年12月29日

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