Augustus注释基因组

  1. AUGUSTUS版本：3.4.0

  2. 官方参考手册

  3. 下载Lentinula edodesGenBank格式注释文件:

    1
    2
    we https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/021/015/755/GCF_021015755.1_Lenedo1/GCF_021015755.1_Lenedo1_genomic.gbff.gz -O ref.gbff.gz
    gunzip ref.gbff.gz

  4. 剔除序列头无用信息：

    1
    py3 /usr/bin/split.fasta.id.py -i Pchr.fa -by 3 -n 1 -o Pchr.2.fa

  5. 将数据进行拆分用于训练：

    1
    randomSplit.pl ref.gbff 100

  6. 初始化存放位置：

    1
    new_species.pl --species=Pchr

  7. 训练：

    1
    etraining --species=Pchr ref.gbff.train

  8. 查看训练结果：

    1
    ls -ort $AUGUSTUS_CONFIG_PATH/species/Pchr/

  9. 测试模型：

    1
    augustus --species=Pchr ref.gbff.test | tee firsttest.out # takes ~1m

  10. 查看预测准确率：

    1
    grep -A 22 Evaluation firsttest.out

    image-20220830183243181

  11. 参考官方手册预测Phanerodontia chrysosporium基因：

    1
    nohup augustus --species=Pchr Pchr.2.fa > Pchr.gff &

  12. 提取基因蛋白序列：

    1
    getAnnoFasta.pl Pchr.gff

  13. 提取CDS：

    1
    gffread Pchr.final.gff -g Pchr.2.fa -x Pchr.cds.dna.fa

  14. 提取CDS的蛋白序列：

    1
    gffread Pchr.final.gff -g Pchr.2.fa -y Pchr.cds.pep.fa

  15. 结果文件信息：

    1. Pchr.final.gff：基因组注释文件
    2. Pchr.pep.fa：基因蛋白序列
    3. Pchr.cds.dna.fa：基因编码区DNA序列
    4. Pchr.cds.pep.fa：基因编码区蛋白序列

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生物信息学
#生物信息学
Augustus注释基因组
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作者
小蓝哥
发布于
2022年8月30日
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