文献检索、追踪、阅读等小总结

去年写了个小总结，包含了文献检索等（简书地址：https://www.jianshu.com/p/3e17e9b7fac8）。

时间悄然过去一年多了，关于文献检索、追踪及下载有了新的认识。从头梳理一遍，一方面希望能帮助到实验室的师弟师妹，另外一方面也是对自己知识体系的一个梳理。（注：本文部分内容来自互联网，如有侵权，请联系我们进行修改或删除）

文献分类

按照文字分类，可以简单将文献分成两类：

  1. 中文；
  2. 英文。

按照文章类型来分，可以分成如下几类：

  1. Article（我称它为“研究论文”）
  2. Review（“综述”）
  3. Letter（“信”）

其中最常见的是Article，其次是Review。

文献阅读顺序

文献千千万，那怎么开始阅读呢？

如果进入的领域是全新的，那我的经验是这样的：

本实验室和自己方向相关的师兄师姐的毕业论文→本领域的优秀博士论文→优秀中文综述→优秀英文综述→优秀Article。

为什么先看师兄师姐的论文？

  1. 毕业论文中有详尽的研究背景、试验方法等；
  2. 毕业论文中用到的仪器通常是本实验室就有的，实现了解什么仪器能解决什么问题；
  3. 从师兄师姐毕业论文中的展望部分说不定就是自己的研究方向呢。

其次是优秀的博士论文的原因有这样几点：

  1. 文字是中文，看起来OK；
  2. 优秀的博士论文有详尽的文献综述，对专业名词还有详尽的解释，不用漫山遍野查专业名词的意思；
  3. 优秀博士论文的参考文献通常是本领域最新的。

优秀的中文综述和英文综述是互补的。

我还记得导师给我的第一篇文章是：Root exudates: the hidden part of plant defense$^{[1]}$。真的是看到崩溃啊，根本看不懂那些专有名词啊。果断放弃了，后面再去看的时候好很多了。

优秀的综述有什么用呢？一个最大的用处在后面揭晓。

Article就是日常浏览or精读的文献类型了。

一篇文献的组成及功能

以Article文章为例，一篇文献通常有如下部分组成：

  1. 文献标题：通常文献标题就是文献内容的高度概括，在浏览文献的时候看看标题就知道是不是自己要的文献了；
  2. 作者信息：每个领域做得非常好的机构/研究者往往就那么几个，可以重点关注某些大佬的是实验室动态；
  3. 摘要：摘要是一篇文章的精髓。通常包含了背景、目的、方法、结果、结论、展望等几个部分，日常看文献也大多是看这个部分；
  4. 关键词：这个部分就是这篇文献的主要相关的东西，而这个部分通常是后面我们讲文献追踪时用到的；
  5. 研究背景：在这个部分通常会对本领域的研究进行简单的总结，然后说还有说明问题有待解决，而“我这个研究刚好解决了这个问题”；
  6. 材料与方法：在这个部分，优秀的期刊通常会写得很详细，如用什么植株、有没有用突变体、怎么得到突变体等，这个部分有个越来越重要的内容是数据和代码，尤其是生命科学领域，通常会涉及到测序和分析，优秀的文章通常是提供对应的数据和代码的，在这个部分通常能知道当前主流的方法是什么，用了什么软件等；
  7. 结果：这个部分就是对每个图的描述；
  8. 讨论：结合前人的研究，对自己的试验结果进行讨论；
  9. 结论：这篇文献的结论是什么；
  10. 致谢：对研究有帮助的人/机构/公司进行感谢；
  11. 附件材料：正文的图表是最关键最重要的内容，有些文献会附上附件进行更详尽的解释；
  12. 参考文献：这篇文献引用的文献。

如何检索文献

首先先找实验室师兄师姐相关的毕业论文进行阅读。

检索网站：

  1. 中文：中国知网基本够了，其他的还有万方、百度学术、必应学术等。推荐的顺序是：知网＞必应学术＞百度学术。关于知网的使用技巧参照知乎帖子：https://zhuanlan.zhihu.com/p/52476553

  2. 英文：谷歌学术、WOS（Web Of Science）、Pubmed、必应学术、百度学术、知网。推荐的使用顺序是： 谷歌学术＞Pubmed＞WOS>必应学术＞百度学术。WOS的话需要登录才能使用，通过WOS检索是最准确的，如果学校没有购买数据库的话只能去淘宝买账号了。PubMed的话访问速度比较慢，如果习惯使用PubMed的话，可以参照https://mp.weixin.qq.com/s?src=11&timestamp=1603760985&ver=2669&signature=qwoNIQex7cdUBgbRrNSxEWKvuzB-FX0Z-6pijGHcEakdRkOYMl-WH5772iuwKYUeYN7PEvTLKE9LiEM3BOoi0kgq7c2450K8MZ7ls4zoMYQ5cagb6Qf1IRV6eBjsxVuV&new=1设置影响因子筛选器，就可以按照影响因子对文献进行筛选了。百度学术、必应学术及知网我使用较少。
    谷歌学术在国内是无法正常访问的，但是可以通过浏览器插件或者镜像网站进行访问。浏览器插件的使用参照：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4NDQ4NjU0MA==&mid=2247492278&idx=1&sn=ff9afc876e1f6da5029d27fde52e8c08&chksm=ebf81c55dc8f9543aacf8eb82fc34bfa0b651a8254ec66d3f2727ce5b02367d6374b80f67968&scene=21#wechat_redirect
    镜像网站目前这几个可以用：

    https://xueshu.lanfanshu.cn/
    https://xueshu.kiphub.com/
    https://xueshu.lanfanshu.cn/
    除此之外，推荐一个集成网站：大木虫学术导航http://www.4243.net/，里面能够找到各种常用的学术网站，包括谷歌学术等。

如何检索文献呢？我们根据文献的组成来看看怎么检索文献：

  1. 按标题进行检索：快准狠，没得说，随便找个数据库都可以；
  2. 按作者进行检索：通常能够找到某个研究者的所有论文，这时候就需要根据时间、影响因子、被引等信息进行筛选；
  3. 按关键词进行筛选：这是最常见的检索方式，如以Root exudates进行检索，还可以假设一些检索限定词进行检索，如"Root exudates"和Root exudates 是不一样的，加上引号以后就是把引号里面的内容当成了一个整体进行检索了，”root exudates“ 2015表示的是限定在2015年进行检索；除此之外，还可以加上一些逻辑连接词进行检索，如AND、OR以及NOT；
  4. 从参考文献反推：找到一篇优秀的综述，优秀的综述引用的文献通常是最经典、最新的，直接从这篇综述的参考文献里面去找文献，这样最大的好处是这些文献都是和这个领域高度相关的，再稍加研究就能发现这个领域的大佬是那些了，如Root exudates: the hidden part of plant defense$^{[1]}$这篇综述的参考文献就有100篇，如果看（浏览）完这100篇文献，那对根系分泌物肯定能有个了解了。

文献下载

检索完文献后通常需要对文献进行下载，下载分成那么几种情况：

  1. 学校购买了对应数据库的直接连接上校园网下载即可，如中国知网，大多高校都购买了，直接连上校园网下载即可；

  2. 如果学校没有购买数据库或者是需要下载文献的时候没法连接校园网呢：

  3. 其他文献下载方法
    对那些在知网上需要收费的文献，可以直接到期刊的网站看看是不是可以下载，我试了很多次，通常在期刊网页是可以免费下载的。对英文期刊，如果Sci-Hub无法下载的话，可以去researchgate看看有没有完整的PDF版本；如果上述所有方法都无法下载到的话，可以发邮件给通讯作者试试看能不能得到PDF版本。

  4. 书籍下载
    通常需要下载一些书籍，我下载书籍通常只用两种方法就能搞定：

  5. 试验方法下载

    当前最新的系统的试验方法下载的网站是https://bio-protocol.org/cn/Default.aspx。详细到用什么耗材都会写，更酷炫的是还有视频啊。这个网站上的试验方法通常是优秀文献中的试验方法进行总结的；还能发现数据分析教程，可以说是个宝藏了。

文献追踪

每时每刻新的文献浩如烟海，该怎么知道感兴趣领域的最新进展呢？这里说的“最新进展”是相对的，真真正正最新的东西在研究人员的脑海中，发表出来的说不定都是一两年前的工作了。那该怎么追踪这些最新的动态呢？我主要有下面这几种方法：

  1. 关注公众号
    关注优秀的公众号，这些优秀的公众号通常会推送最新发表的文献，如10月27日凌晨中科院遗传发育所在Nature genetic上发表了小麦的群体遗传文章，马上就有公众号进行推送了。
  2. Stork文献鸟
    网址：https://www.storkapp.me/?logout=1。这个网站是免费注册的，使用超级简单，邮箱注册，然后添加关键词，再设置推送频率（每天或每周）就可以了。关键词可以是研究人员的姓名、研究者机构(高校、院所等)、也可以是真真正正的关键词，也就是文献里面的`Key words`。现在添加关键词以后还能自动评估关键词的质量。
  3. 不定期浏览期刊网站
    这种方法很难get到很相关的文献，但是可以浏览浏览，如果运气好的话，能发现新的东西。
  4. RSS订阅
    我后来很少用RSS订阅了，就不展开说了，有前面几种方法足够了。

文献管理

文献管理软件有好多种，针对中文英文都有不同的软件，具体比较可以参照这个帖子：https://www.biomart.cn/experiment/793/2714581.htm，然后选择自己喜欢的软件即可。我最常用的是Endnote，加上OneDrive云同步，简直不要太爽，可以多台电脑无缝衔接。使用教程的话可以参考中科大罗昭锋老师的教程：https://www.bilibili.com/video/BV1Bz411B7qZ?from=search&seid=12380402443859107521。公众号的话可以看看`子聿学长`。我使用Endnote的原因有几点：

  1. 插入文献管理方便（习惯了就不想换软件了）

  2. 插入参考文献方便

    写毕业论文的时候就知道Endnote有多爽了，不但有现成的期刊引文格式，还能自定义，足以应付各种参考文献格式要求。

在使用过程中发现几个小的不足：

  1. 谷歌学术导出的参考文献格式通常会把期刊显示到作者一栏，需要手动修改；
  2. 直接在文献主页导出RIS格式的比enw格式的更容易正确识别。

在公众号后台回复endnote就能下载到中科大大账号版本的Endnote，无需破解，完全正版。

文献笔记与输出

输入与输出是同等重要的，输入是吸收的过程，输出是对吸收的知识进行重塑的过程，有没有真真正正了解某个知识点，最好的方法就是看看能不能无压力输出。关于文献输入，我有一些小的体会：

  1. 在文献中看当前的研究前沿热点，看看那些优秀的文章都在做啥；
  2. 在材料与方法中找到当下最新的方法，重点关注自己能够用到的方法、软件等；
  3. 在讨论部分看看这个研究工作还有啥能做的，指出这个研究的不足之处（这个还有待加进）；
  4. 仔细研究研究文章中的图表，看看别人是怎么用图表来展示数据的，往后自己的类似数据就可以借鉴类似的展示方法；
  5. 往往第一篇英文文献是最痛苦的，专业名词看不懂、句子看不懂、图看不懂，没办法，只能慢慢来；
  6. 不推荐某些全文翻译软件，如X云文献翻译，翻译出来了虽然看着很快，但是在无形中失去了那个过程，以后遇到英文文献还是看不懂（个人观点）（PS：专业名词的翻译的话推荐知网学术翻译：http://dict.cnki.net/，日常翻译推荐谷歌翻译：https://translate.google.cn/）。

有了输入之后应该有输出，输出的方式很多，如做报告、写公众号（南农LorMe在文献分享方面做得真的很棒）等，也有很多的个人平台可以进行输出，如简书等。

后记

文献阅读是个过程。研一，导师的要求是一周一篇英文文献精读+PPT汇报，那时候的感受就是痛苦啊；现在是基本每周一篇英文文献+公众号，也很庆幸这两年都是这样过来的，现在看文献基本不用翻译了，看本领域的英文书籍也基本能应付，偶尔遇到专业知识的盲点的时候再查缺补漏。

人生没有无用的经历。

参考文献

[1] Baetz U, Martinoia E. Root exudates: the hidden part of plant defense[J]. Trends in Plant Science, 2014, 19(2): 90-98.

交流请联系：

💌lixiang117423@gmail.com

💌lixiang117423@foxmail.com

杂文
#文献
文献检索、追踪、阅读等小总结
https://lixiang117423.github.io/article/6cdff7bd/
作者
小蓝哥
发布于
2020年12月14日
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