iTOL修饰进化树

绘制进化树的软件很多，窗口界面的MEGA$^{[1]}$、Y叔R包ggtree$^{[2]}$等。MEGA属于神仙级别的软件，一篇文章拉高期刊的影响因子。而Y的ggtree更受R爱好者的青睐，可以各种尽情修饰进化树。相对来说，MEGA建的树就不是那么好看，需要后期修饰一下。修饰的软件推荐iTOL$^{[3]}$。大多数的参数直接在右边界面就能修改，但是如果需要批量修改颜色等信息的话，就需要写配置文件。

开局一张图

iTOL并不能建树，只能修饰进化树，需要导入.nwk结尾的文件，是长这样的：

在网站界面直接选择文件upload就行，就能得到下面这样的图：

简单修饰直接点击右边就能进行修改。

标签背景色

批量添加标签的背景色，需要写一个配置文件label.txt，这个文件的格式是这样的：

最上面的三行是默认的，下面的分别表示样品名称、range(表示背景色)、颜色编码、样品的分组。最后上色的时候是用样品分组信息进行着色的，效果如下：

线条着色

同样的编辑配置文件，格式如下：

前三行是固定的，下面每一列分别表示的是样品名称、线条、颜色属性、样式、大小。

编辑完之后直接将文件拖到网页的进化树上就行了。效果如下：

标签颜色

标签颜色和标签的背景色的设置是大同小异的，直接将range换成label就可以 了。

最终效果

更多修饰细节可以观看网页视频教程噢。

参考文献

[1] Kumar, Sudhir, Koichiro Tamura, and Masatoshi Nei. “MEGA: molecular evolutionary genetics analysis software for microcomputers.” Bioinformatics** 10.2 (1994): 189-191.

[2] Yu, Guangchuang, et al. “ggtree: an R package for visualization and annotation of phylogenetic trees with their covariates and other associated data.” Methods in Ecology and Evolution 8.1 (2017): 28-36.

[3] Letunic, Ivica, and Peer Bork. “Interactive tree of life (iTOL) v3: an online tool for the display and annotation of phylogenetic and other trees.” Nucleic acids research 44.W1 (2016): W242-W245.

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