Linux Tips

1. 统计某个特定字符串出现的次数：

   grep -c '>' filename

2. 查看某个特定字符出现的行数：

   grep -n '>' filename

3. 根据gff文件提取基因序列：

   awk '{if ($3=="gene") print}' ylg.gff3 > ylg.gene.gff3
   bedtools getfasta -fi your_fasta.file -bed your_gff3.file > your_output.name

4. 统计文件行数：

   wc -l your_file

5. 修改atp源：

   # 备份源
   sudo cp /etc/apt/sources.list  /etc/apt/sources.list_backup
   # 编辑源
   sudo vi /etc/apt/sources.list
   
   deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
   deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
   deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
   deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
   deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
   deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
   deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
   deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
   deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
   deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse

6. conda安装：

   wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
   
   bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
   
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
   conda config --set show_channel_urls yes
   
   conda create -n rna
   # 创建一个小环境名为rna
   
   conda install python=2
   # 安装python 2版本
   # 以上两句话可以等同于一句命令：conda create -n rna python=2
   
   conda info -e
   conda info --envs
   conda env list
   # 都是来查看已经存在小环境名的
   
   # 运行后如下：rna即为刚刚建立成功的小环境名
   
   $ conda info -e
   # conda environments:
   #
   base                  *  /home/you/miniconda2
   rna                      /home/you/miniconda2/envs/rna
   
   source activate rna

7. 安装htop：

   sudo apt install htop

8. wget后台运行+断点续传：

   wget -b -c your_link

9. 查看某个文件夹的大小：

   du -h youdir

10. wegt批量下载：

    wget -c -b -t 0 -T 6000 -i yourlinkesfiles

11. 服务器之间传输文件：

    scp -r ./thisfolder username@192.168.212.212:/home/user $ 目标服务器

12. md5值检验：

    md5sum yourfile

13. 添加用户

sudo adduser username

# 赋予用户管权限
sudo usermod -aG sudo username

# 删除用户但是保留文件
sudo deluser username

# 删除用户和文件
sudo deluser --remove-home username

1. 所有用户都可以使用的软件

把软件的环境变量写到/etc/profile里面。

1. Ubuntu修改R镜像

sudo vi /etc/R/Rprofile.site

1. lb报错

/usr/bin/ld: 找不到 -lblas
sudo apt-get install libblas-dev

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