生物信息学常用软件
持续输出中。。。。。。 1 Annovar1.1 参考文献ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data 1.2 功能概述对变异（SNP和INDLE等）进行注释。 1.3 下载安装从https://www.openbioinformatics.org/annovar/an
关于VCF和gVCF
gVCF联合分型 vs VCF文件合并：深度解析变异检测的两种策略 在基因组学研究中，多样本变异检测是一个关键步骤。本文深入分析gVCF联合分型和直接VCF合并两种方法的差异、优势和适用场景，帮助研究者选择最适合的分析策略。 📖 目录 概述 技术原理 详细对比 实际应用场景 代码示例 性能评估 最佳实践建议 总结 🎯 概述在多样本基因组变异检测中，研究者通常面临两种主要的数据整合策略
配置methylKit环境
各种折腾， 终于安装成功： 123mamba install -c conda-forge -c bioconda bioconductor-methylkit r-xml r-rcurlmamba install -c conda-forge "r-data.table=1.16.4"
biopytools的用法
安装12345git clone https://github.com/lixiang117423/biopytools.gitcd biopytoolspip install -e .pip install -e ".[dev]" run_annovar主要功能是实现使用Annovar对VCF文件进行注释。 帮助文档1234567891011121314151617181920212223242
biopytools的用法
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RNA-Seq自动化脚本
好的，遵命。这里是拆分后的中文和英文两个独立的 README.md 文件。 中文版本1234567891011121314151617181920212223242526272829# RNA-seq 分析流程这是一个基于 HISAT2 和 StringTie 的自动化 RNA-seq 分析流程。它封装了从原始 FASTQ 文件到最终表达矩阵生成的完整步骤，旨在提供一个简单、高效且可重复的分析体
运行fastp的脚本
中文功能概述fastp 质控模块是 biopytools 工具包中的高效 FASTQ 数据质量控制工具，支持单端和双端测序数据的批量处理。该模块封装了 fastp 工具，提供了便捷的批处理功能和灵活的参数配置。 主要特性 🚀 高效批处理：自动识别和处理整个目录下的 FASTQ 文件 🔧 灵活配置：支持多种质控参数的自定义设置 📊 质量报告：自动生成 HTML 和 JSON 格式的质控报告 �
Gemma自动化脚本
GEMMA 自动化 GWAS 分析流程目录 简介 核心功能 环境要求 安装与准备 软件安装 输入文件准备 使用方法 快速开始 参数详解 工作流程详解 输出文件说明 重要注意事项 简介本项目是一个自动化的GWAS（全基因组关联分析）流程脚本，它将从原始的VCF文件和表型数据开始，一直到生成最终的显著性位点列表，极大地简化了使用PLINK和GEMMA进行分析的复杂步骤。 该脚本特别设计用于处