生物信息学常用软件
持续输出中。。。。。。 1 Annovar1.1 参考文献ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data 1.2 功能概述对变异（SNP和INDLE等）进行注释。 1.3 下载安装从https://www.openbioinformatics.org/annovar/an
8000份大豆重测序数据文章的流程
8000份大豆重测序数据文章的流程目录 分析流程总览 数据分析具体流程 图表制作 分析流程总览整体流程架构1234567891011原始数据 (Raw Data) ↓数据质控 (Quality Control) ↓比对到参考基因组 (Alignment) ↓变异检测 (Variant Detection) ↓变异注释 (Variant Annotation) ↓进
生信小工具biopytools的使用方法
如何安装123456git clone https://github.com/lixiang117423/biopytools.gitcd biopytoolspip install -e .# orpip install .
NCBI基因组注释流程使用三代转录组数据报错解决方法
软件版本：v.0.4.1-alpha 报错信息： 1[0a/15eb38] NOTE: Process egapx:rnaseq_long_plane:rename_fasta_ids (1) terminated with an error exit status (1) -- Execution is retried (1) 报错信息的大概意思是在处理三代转录组的时候讲fastq文件转换为fa
生物信息学脚本合集
一些在AI协助下写的生物信息学脚本，自用。 基因组hifiasm使用HiFi和Hi-C数据进行基因组组装1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162636465666768697071727374757677787
linux运行tassel做GWAS的脚本
下载软件1git clone https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-standalone.git 主脚本1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162636465666
一些Hi-C的脚本
Puzzle-Hi-C123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748495051525354555657585960616263646566676869707172737475767778798081828384858687888990919293949596979899
Augustus的核心参数解读_Claude
基于Augustus的参数列表，我来为你分析最重要的参数及其原因： 🎯 核心重要参数（必须设置）1. --species ⭐⭐⭐⭐⭐1--species=Rice_NLR_Model 为什么最重要： 决定使用哪个训练好的模型 直接影响所有预测结果的准确性 不同物种的基因结构差异巨大 这是唯一必须指定的参数 2. --genemodel ⭐⭐⭐⭐1--genemodel=partial/com
PTI中的信号网络
摘要在自然环境下，植物时时刻刻都在面对病原物的入侵。然而，由于植物具有有效的免疫系统，植物病害很少发生。病原物被两层不同的识别系统识别：PTI和ETI。PTI和ETI都具有能够阻止病原入侵的诱导防御系统。本综述主要讨论PTI中的信号通路网络，主要聚焦于丝裂原活化蛋白激酶。